Resultats

Maquinària de síntesi

Per tal de corroborar si els organismes estudiats tenen o no selenoproteïnes hem cercat si presenten la màquinaria de síntesis. S'han cercat les següents proteïnes amb diferents queries: SecS, eEFSec, pstk, sbp2, secp43, sps2 i tRNASec. Consulta més informació sobre aquestes proteïnes aquí.

tBLASTn

Control

Abans d'analitzar els nostres organismes, hem testat les nostres queries amb organismes control dels qual ja se sap que tenen o no selenoproteïnes i són propers als nostres organismes, per tal de poder comparar els resultats obtinguts amb els organismes 2012, aquí pots veure un arbre amb els organismes. A l'apartat de discussió comentem aquests resultats. La taula està associada amb links amb els arxius dels resultats, per a més informació clica sobre el resultat que vulguis.

SeP SecS eEFSec pstk sbp2 secp43 sps2
?
C.brenneri
D.discoideum
Homo
Micromonas
Mouse
C.elegans
Droso
Homo
Bacteria
T.cruzi
Homo
Droso
Homo
Mouse
Homo
Mouse
Mosq
Droso
Homo
Mouse
P.tetraurelia Si
D.purpureum Si
L.mexicana Si
M.brevicollis Si
E.histolytica No
P.sojae Si
T.cruzi Si
T.parva No

Tornar a dalt

Organismes 2012
SecS eEFSec pstk sbp2 secp43 sps2
C.brenneri
D.discoideum
Homo
Micromonas
Mouse
C.elegans
Droso
Homo
Bacteria
T.cruzi
Homo
Droso
Homo
Mouse
Homo
Mouse
Mosq
Droso
Homo
Mouse
A.laibachii_Nc14
A.rara
C.fasciculata
D.discoideum_AX4
D.fasciculatum
F.cylindrus
G.niphandrodes
I.multifiliis_strain_G5
L.donovani_BPK282A1
L.tarentolae
P.capsici
P.polycephalum
S.arctica
T.congolense

Tornar a dalt

sps2

Query tBLASTn Exonerate Genewise T-coffee
A.laibachii_Nc14 H.sapiens
A.rara H.sapiens
C.fasciculata H.sapiens
D.discoideum_AX4 H.sapiens
D.fasciculatum H.sapiens
F.cylindrus H.sapiens
G.niphandrodes H.sapiens
I.multifiliis_strain_G5 H.sapiens
L.donovani_BPK282A1 H.sapiens
L.tarentolae H.sapiens
P.capsici H.sapiens
P.polycephalum A.gambiae
S.arctica H.sapiens
T. congolense H.sapiens

Tornar a dalt

sbp2
Query tBLASTn Exonerate Genewise T-coffee
A.laibachii_Nc14 D.melanogaster
A.rara D.melanogaster
C.fasciculata D.melanogaster
D.discoideum_AX4 M.musculus
D.fasciculatum M.musculus
F.cylindrus M.musculus
G.niphandrodes D.melanogaster
I.multifiliis_strain_G5 H.sapiens
L.donovani_BPK282A1 D.melanogaster
L.tarentolae D.melanogaster
P.capsici D.melanogaster
P.polycephalum H.sapiens
S.arctica H.sapiens
T.congolense D.melanogaster

Tornar a dalt

pstk
Query tBLASTn Exonerate Genewise T-coffee
A.laibachii_Nc14 Homo
A.rara Homo
C.fasciculata T.cruzi
D.discoideum_AX4 Homo
D.fasciculatum Homo
F.cylindrus Homo
G.niphandrodes Homo
I.multifiliis_strain_G5 Homo
L.donovani_BPK282A1 T.cruzi
L.tarentolae T.cruzi
P.capsici Homo
P.polycephalum Homo
S.arctica Homo
T.congolense T.cruzi

Tornar a dalt

secp43
Query tBLASTn Exonerate Genewise T-coffee
A.laibachii_Nc14 Mouse
A.rara Mouse
C.fasciculata Mouse
D.discoideum_AX4 Mouse
D.fasciculatum Mouse
F.cylindrus Mouse
G.niphandrodes Mouse
I. multifiliis_strain_G5 Mouse
L.donovani_BPK282A1 Mouse
L.tarentolae Mouse
P.capsici Mouse
P.polycephalum Mouse
S.arctica Mouse
T. congolense Mouse

Tornar a dalt

secS
Query tBLASTn Exonerate Genewise T-coffee
A.laibachii_Nc14 D.discoideum_AX4
A.rara D.discoideum_AX4
C.fasciculata D.discoideum_AX4
D.discoideum_AX4 D.discoideum_AX4
D.fasciculatum D.discoideum_AX4
F.cylindrus D.discoideum_AX4
G.niphandrodes D.discoideum_AX4
I. multifiliis_strain_G5 D.discoideum_AX4
L.donovani_BPK282A1 D.discoideum_AX4
L.tarentolae D.discoideum_AX4
P.capsici D.discoideum_AX4
P.polycephalum D.discoideum_AX4
S.arctica D.discoideum_AX4
T.congolense D.discoideum_AX4

Tornar a dalt

eEFSec
Query tBLASTn Exonerate Genewise T-coffee
A.laibachii_Nc14 D.melanogaster
A.rara D.melanogaster
C.fasciculata H.sapiens
D.discoideum_AX4 D.melanogaster
D.fasciculatum D.melanogaster
F.cylindrus D.melanogaster
G.niphandrodes D.melanogaster
I. multifiliis_strain_G5 D.melanogaster
L.donovani_BPK282A1 D.melanogaster
L.tarentolae D.melanogaster
P.capsici D.melanogaster
P.polycephalum D.melanogaster
S.arctica D.melanogaster
T. congolense D.melanogaster

Tornar a dalt

tRNAsec
Control
tRNAscan-SE
D.purpureum
L.mexicana
M.brevicollis
P.tetraurelia
E.histolytica
T.cruzi
P.sojae
T.parva
2012
tRNAscan-SE
A.laibachii_Nc14
A.rara
C.fasciculata
D.discoideum_AX4
D.fasciculatum
F.cylindrus
G.niphandrodes
I.multifiliis_strain_G5
L.donovani_BPK282A1
L.tarentolae
P.capsici
P.polycephalum
S.arctica
T.congolense

Tornar a dalt