T-COFFEE, Version_7.54(Tue Jan 13 18:15:23 WEST 2009)
Cedric Notredame 
CPU TIME:0 sec.
SCORE=93
*
 BAD AVG GOOD
*
gi|66814240|ref   :  93
scaffold_2_subs   :  93
cons              :  93

gi|66814240|ref   MNLKNLETCKGLIKGSYIDQAIQGTSQFNKLLETLLIHKKLPNIG
scaffold_2_subs   ------------------------TKQYN----SLFIHKRLPEYG

cons                                      *.*:*    :*:***:**: *


gi|66814240|ref   YNDKIIELILNEISLMDSNNFIENIGVGEREGRIYSGLVEKRHYG
scaffold_2_subs   WSDVQIQSLLFLFSTLDTNNKTLGCGVGEREGRVFSSLVSQRHYG

cons              :.*  *: :*  :* :*:**   . ********::*.**.:****


gi|66814240|ref   FAHGIGRSGDITEQQPKAAGSSLIQKLTHSLVLDAMKLAG-LEQ-
scaffold_2_subs   LSHGMGRSGDITEPQPKAAGSSALVKLALLLTLDALRRGSKLDAK

cons              ::**:******** ******** : **:  *.***:: .. *:  


gi|66814240|ref   SSLSNCLLLPMATGMTLALTMLTLKSINANN---KRYVLWPRIDQ
scaffold_2_subs   GPAAYGILLPLCTGMSISLLLASIRSKEENSETKKDIVLWSRIDQ

cons              .. :  :***:.***:::* : :::* : *.   *  ***.****


gi|66814240|ref   KSCLKSIITAGLIPIVIPNQLDGDMIRTDLVAIEDKIKELGVDNI
scaffold_2_subs   KSCFKAIHSAGLICVVVPTKIEGDEVITDIDAMEAALSKH-EGRV

cons              ***:*:* :**** :*:*.:::** : **: *:*  :.:   ..:


gi|66814240|ref   LCVFSTTSCFAPRVPDKIIEISEICKRYNIGHIINNAYGLQCSKI
scaffold_2_subs   LAVITTSSCFTPRVPDAVDKVAKLCKVSNVYHIINNAYGLQCAKT

cons              *.*::*:***:***** : :::::**  *: ***********:* 


gi|66814240|ref   LHNISQACKLGRVDAFIQSTDKNFMVPVGGAIISGPNSEFIDQIS
scaffold_2_subs   SKLINRACVVGRVDAVVCSTDKNFLVPVGGAIIISPSKNIIGEVG

cons               : *.:** :*****.: ******:******** .*..::*.::.


gi|66814240|ref   RNYPGRANSSPILDVFITLLSMGKQGWLNLLKERKELLIYFNEQL
scaffold_2_subs   KVYAGRASSSPIVDLFITLLSMGMNGYKRLLKERTSVLETFPERL

cons              : *.***.****:*:******** :*: .*****..:*  * *:*


gi|66814240|ref   SKFALENNEKLLNTINENKISFALTLSSNN-FNNNEEIISNNNNN
scaffold_2_subs   REVAEKHGERILVCPN-NTVSFGLTLDGLARPKEVDELDENYTQS

cons               :.* ::.*::*   * *.:**.***..    :: :*: .* .:.


gi|66814240|ref   NNNTFSMIGSKLFSRSCSGSRVIDLKSNKKLLIGGLEFNNYGSHI
scaffold_2_subs   TAKEITSFGAMLFSRCVSGTRVVPRSQLK--SIGGQDFIGFGSST

cons              . : :: :*: ****. **:**:  .. *   *** :* .:**  


gi|66814240|ref   DNYSTSYLTVACAIGITKLEIDTFIQRLSKLFNKK
scaffold_2_subs   NEYPHAYMTAACAIGVSIFEIEEFYVRLD-----K

cons              ::*. :*:*.*****:: :**: *  **.     *