T-COFFEE, Version_7.54(Tue Jan 13 18:15:23 WEST 2009)
Cedric Notredame 
CPU TIME:0 sec.
SCORE=95
*
 BAD AVG GOOD
*
gi|66814240|ref   :  95
PHYCAscaffold_5   :  95
cons              :  95

gi|66814240|ref   MNLKNLETCKGLIKGSYIDQAIQGTSQFNKLLETLLIHKKLPNIG
PHYCAscaffold_5   MNSKSAALAEQLIPSTYVKQGLGAIRSREALVTTLLAQRRLPDEG

cons              ** *.   .: ** .:*:.*.: .  . : *: *** :::**: *


gi|66814240|ref   YNDKIIELILNEISLMDSNNFIENIGVGEREGRIYSGLVEKRHYG
PHYCAscaffold_5   WDDASVEMLLQTLSAMDSNNFQGSAGAGEREARVFSPMVARRHFR

cons              ::*  :*::*: :* ******  . *.****.*::* :* :**: 


gi|66814240|ref   FAHGIGRSGDITEQQPKAAGSSLIQKLTHSLVLDAMKLAGLEQSS
PHYCAscaffold_5   LAHGVGRSGDVAAVQPKAAGSSLLVQLANSLAKDVLRLAGMR--A

cons              :***:*****::  *********: :*::**. *.::***:.  :


gi|66814240|ref   LSNCLLLPMATGMTLALTMLTLKSINANNKRYVLWPRIDQKSCLK
PHYCAscaffold_5   VQAALVLPVATGMSLTLVLLQLNELKP-GAHYVIWPRIDQKSCFK

cons              :. .*:**:****:*:*.:* *:.::. . :**:*********:*


gi|66814240|ref   SIITAGLIPIVIPNQLD-------GDMIRTDLVAIEDKIKELGVD
PHYCAscaffold_5   SILAAGLTPLVLPNVLVEEEDGRLGGYLKTDLAGMAELIDQYGAD

cons              **::*** *:*:** *        *. ::***..: : *.: *.*


gi|66814240|ref   NILCVFSTTSCFAPRVPDKIIEISEICKRYNIGHIINNAYGLQCS
PHYCAscaffold_5   SILAVMSTTSCFAPRAYDSVQEIAKMCQDRNIAHVINNAYGVQAS

cons              .**.*:*********. *.: **:::*:  **.*:******:*.*


gi|66814240|ref   KILHNISQACKLGRVDAFIQSTDKNFMVPVGGAIISGPNSEFIDQ
PHYCAscaffold_5   KCVHEVELAMRVGRVDAVVQSLDKNFMVPVGGAIVCSASRDLVDR

cons              * :*::. * ::*****.:** ************:.... :::*:


gi|66814240|ref   ISRNYPGRANSSPILDVFITLLSMGKQGWLNLLKERKELLIYFNE
PHYCAscaffold_5   VAKFYPGRASATPTLDFFITMLQMGKSGYRQLLDERKHLAVYMRE

cons              ::: *****.::* **.***:*.***.*: :**.***.* :*:.*


gi|66814240|ref   QLSKFALENNEKLLNTINENKISFALTLSSNNFNNNEEIISNNNN
PHYCAscaffold_5   KLESLAAEEGERVLR-VSSNEISFALTLGTLCS----DVMD--KK

cons              :*..:* *:.*::*. :..*:*******.:       :::.  ::


gi|66814240|ref   NNNNTFSMIGSKLFSRSCSGSRVIDLKSNKKLLIGGLEFNNYGSH
PHYCAscaffold_5   EKSQQLTFLGSMLFSRGVSGARVVSCLDRK--TIAGHDFDSFGAH

cons              ::.: ::::** ****. **:**:.  ..*   *.* :*:.:*:*


gi|66814240|ref   IDNYSTSYLTVACAIGITKLEIDTFIQRLSKLFNKK
PHYCAscaffold_5   YDEFPVAYVTFACALGMRRDEVDLLITKL-----RK

cons               *::..:*:*.***:*: : *:* :* :*     :*