Resum
L'objectiu d'aquest projecte és la recerca de selenoproteomes en alguns genomes de protistes que han estat seqüenciats darrerament. Concretament, en aquest estudi ens centrem en la cerca d'homòlegs de les selenoproteïnes SelQ, SelJ i la família DI.
Les selenoproteïnes són un tipus de proteïnes que incorporen a la seva seqüència un aminoàcid anomenat
selenocisteïna, el qual correspon a l’aminoàcid 21, i s’anomena amb una lletra U. Aquest aminoàcid és codificat pel codó TGA el qual és, normalment, un codó de terminació de la traducció. Per tant, en una mateixa espècie hi ha un mateix codó amb dos significats diferents, el que dificulta l'anotació d'aquestes proteïnes.
Per a realitzar la cerca hem utilitzat varies eines bioinformàtiques, com SelenoDB, tBLASTn, Exonerate, Genewise o T-coffee. A més d'analitzar la presència de les selenoproteïnes esmentades, hem buscat elements SECIS en els hits candidats a ser selenoproteïnes i la maquinària necessària per la síntesi de d'aquestes proteïnes.
En els genomes estudiats no hem trobat SelQ. En canvi, a D.discoideum_AX4, D.fasciculatum i P.polycephalum hem identificat la
selenoproteïna DI. A més, en aquests tres organismes hem trobat la maquinària necessària per a la síntesi de selenoproteïnes. En quant a SelJ, només hem trobat un homòleg en cisteïna en P. capsici.
Abstract
The aim of this project is the research of selenoproteins in some lately sequenced protists genomes. In this study, we are focussing in the search of homologus proteins of SelQ, SelJ and DI selenoproteins.
Selenoproteins are a kind of protein that has the aminoacid selenocysteine in their sequence. Selenocysteine (U) is the aminoacid 21 and it is codified by a TGA codon which is usually used as a stop codon. The prediction of selenoproteins is specially difficult due to the dual action of the TGA codon.
To develop this project we have used some bioinformatic tools like SelenoDB, tBLASTn, Exonerate, Genewise or T-coffee. We also have looked for the SECIS elements in the surroundings of our predicted selenoproteins, and the selenoprotein synthesis machinery in the studied genomes of protists.
As a conclusion, we have not found any SelQ homologous protein in our genomes. However, we have successed in finding DI in the genomes of D.discoideum_AX4, D.fasciculatum and P.polycephalum. On the other hand, we have only been able to find one SelJ cysteine homologous in the genome of P.capsici.