Resultats i discussió

En aquest apartat presentem els resultats que hem obtinguts per a cada familia de selenoproteïnes:

Si voleu veure els arxius obtinguts per a cada pas només cal que cliqueu a sobre del símbol corresponent (només en els casos positius).

Algunes vegades hem obtingut prediccions dolentes amb el programa exonerate i hem decidit fer servir el GeneWise. Per aquesta raó hem posat un asterisc en l'exonerate indicant que no sempre hem fet servir aquest programa per generar l'arxiu corresponent a aquest pas.

Tornar als resultats de selenoproteïnes

eEFSec

Nom organisme Query tBLASTn Fastafetch Fastasubseq Exonerate* cDNA Proteïna Alineament Conclusió
A.taiwanensis H.sapiens Absent
B.hominis H.sapiens Present
C.merolae H.sapiens Present
C.muris H.sapiens Present
C.owczarzaki H.sapiens Present
C.parvum H.sapiens Present
E.siliculosus H.sapiens Present
H.arabidopsidis H.sapiens Present
N.gruberi H.sapiens Present
P.pallidum H.sapiens Present
P.tricornutum H.sapiens Present
P.ultimum H.sapiens Present
S.parasitica H.sapiens Present
T.trahens H.sapiens Present

Per a veure la discussió referent a aquesta família feu click aquí.

Tornar a dalt

PSKT

Nom organisme Query tBLASTn Fastafetch Fastasubseq Exonerate* cDNA Proteïna Alineament Conclusió
A.taiwanensis Mus musculus Absent
B.hominis Mus musculus Absent
C.merolae Mus musculus Absent
C.muris Mus musculus Absent
C.owczarzaki Mus musculus Absent
C.parvum Mus musculus Absent
E.siliculosus Mus musculus Absent
H.arabidopsidis Mus musculus Absent
N.gruberi Mus musculus
P.pallidum Mus musculus
P.tricornutum Trichinella spiralis Absent
P.ultimum Mus musculus
S.parasitica Mus musculus
T.trahens Mus musculus Absent

Per a veure la discussió referent a aquesta família feu click aquí.

Tornar a dalt

SECp43

Nom organisme Query tBLASTn Fastafetch Fastasubseq Exonerate* cDNA Proteïna Alineament Conclusió
A.taiwanensis C.intestinalis Absent
B.hominis C.intestinalis Present
C.merolae C.intestinalis Present
C.muris C.intestinalis Present
C.owczarzaki C.intestinalis Present
C.parvum C.intestinalis Present
E.siliculosus C.intestinalis Present
H.arabidopsidis C.intestinalis Present
N.gruberi C.intestinalis Present
P.pallidum C.intestinalis Present
P.tricornutum C.intestinalis Present
P.ultimum C.intestinalis Present
S.parasitica C.intestinalis Present
T.trahens C.intestinalis Present

Per a veure la discussió referent a aquesta família feu click aquí.

Tornar a dalt

SecS

Nom organisme Query tBLASTn Fastafetch Fastasubseq Exonerate* cDNA Proteïna Alineament Conclusió
A.taiwanensis C.owczarzaki Present
B.hominis C.owczarzaki Present
C.merolae C.owczarzaki Present
C.muris C.owczarzaki Absent
C.owczarzaki C.owczarzaki Present
C.parvum C.owczarzaki Absent
E.siliculosus C.owczarzaki Present
H.arabidopsidis C.owczarzaki Present
N.gruberi C.owczarzaki Present
P.pallidum C.owczarzaki Present
P.tricornutum C.owczarzaki Present
P.ultimum C.owczarzaki Present
S.parasitica C.owczarzaki Present
T.trahens C.owczarzaki Present

Per a veure la discussió referent a aquesta família feu click aquí.

Tornar a dalt

SBP2

Nom organisme Query tBLASTn Fastafetch Fastasubseq Exonerate* cDNA Proteïna Alineament Conclusió
A.taiwanensis H.sapiens Absent
B.hominis H.sapiens Absent
C.merolae H.sapiens Absent
C.muris H.sapiens Present
C.owczarzaki H.sapiens Present
C.parvum H.sapiens Present
E.siliculosus H.sapiens Present
H.arabidopsidis H.sapiens Absent
N.gruberi H.sapiens Present
P.pallidum H.sapiens Absent
P.tricornutum H.sapiens Present
P.ultimum H.sapiens Absent
S.parasitica H.sapiens Absent
T.trahens H.sapiens Present

Per a veure la discussió referent a aquesta família feu click aquí.

Tornar a dalt

SPS1

Nom organisme Query tBLASTn Fastafetch Fastasubseq Exonerate* cDNA Proteïna Alineament Conclusió
A.taiwanensis Mus musculus -------
B.hominis Mus musculus SPS (U)
C.merolae Mus musculus Homòloga
C.muris Mus musculus -------
C.owczarzaki Mus musculus Homòloga
C.parvum Mus musculus -------
E.siliculosus Mus musculus -------
H.arabidopsidis Mus musculus -------
N.gruberi Mus musculus -------
P.pallidum Mus musculus SPS
P.tricornutum Mus musculus SPS
P.ultimum Mus musculus SPS (C)
S.parasitica Mus musculus SPS (U)
T.trahens Mus musculus SPS (U)

Per a veure la discussió referenta la família SPS (SPS1 i SPS2) feu click aquí.

Tornar a dalt

SPS2

Nom organisme Query tBLASTn Fastafetch Fastasubseq Exonerate* cDNA Proteïna Alineament SECIS Conclusió
A.taiwanensis D.melanogaster -------
B.hominis D.melanogaster SPS (U)
C.merolae D.melanogaster Homòloga
C.muris D.melanogaster -------
C.owczarzaki D.melanogaster Homòloga
C.parvum D.melanogaster -------
E.siliculosus D.melanogaster -------
H.arabidopsidis D.melanogaster Homòloga
N.gruberi D.melanogaster Homòloga
P.pallidum D.melanogaster SPS
P.tricornutum D.melanogaster SPS
P.ultimum D.melanogaster SPS (C)
S.parasitica D.melanogaster SPS (U)
T.trahens D.melanogaster SPS (U)

Per a veure la discussió referent a la família SPS (SPS1 i SPS2) feu click aquí.

Tornar a dalt

tRNAsec

En aquesta taula mostrem de forma resumida quins organismes tenen tRNA de selenoproteïnes però com que hem buscat el tRNA de tots els organismes, hem decidit penjar un arxiu per a cada organisme encara que no tinguin el tRNA de selenoproteïnes.

Nom organisme tRNAsec
A.taiwanensis
B.hominis
C.merolae
C.muris
C.owczarzaki
C.parvum
E.siliculosus
H.arabidopsidis
N.gruberi
P.pallidum
P.tricornutum
P.ultimum
S.parasitica
T.trahens

Per a veure la discussió referent al tRNA feu click aquí.

Tornar a dalt