Discussió SecS
Tal com veiem en l'alineament múltiple, la majoria dels nostres organismes protists contenen aquesta proteïna excepte el C.muris i C.parvum. En aquest organismes, hem realitzat el tBLASTn, però no hem obtingut hits significatius (veure taula) i, per tant, no hem pogut seguir l'anàlisi.
En la resta d'organismes hem realitzat el procediment, tal i com s'ha explicat a materials i mètodes amb l'objectiu d'obtenir les proteïnes corresponents. En H.arabidopsidis i S.parasitica la predicció realitzada amb l'exonerate no era correcte, per això hem probat amb el genewise, obtenint una millor predicció. En el cas de A.taiwanensis, observem que hem obtingut una proteïna bastant conservada, però massa curta. Aquest fet ens ha succeït diverses vegades durant el projecte amb aquest organisme, i es deu a que els contigs són de curta llargada, i no permeten extreure amb el fastasubsequence la llargada requerida per generar la proteïna sencera.
Per confirmar que les proteïnes obtingudes, són de la família de Sec S, hem realitzat un BLASTp online, obtenint en tots els casos, el domini selenium_SpcS i els primers hits coincidien amb proteïnes de la família SecS. D'aquesta manera, confirmem, que hem obtingut proteïnes de la família SecS. En el cas de A.taiwanensis, també vam obtenir el mateix resultat positiu. Per tant, podem pensar que realment, només hem obtingut un fragment de la proteïna en aquest organisme.
