Resultats i discussió
En aquest apartat presentem els resultats que hem obtinguts per a cada familia de selenoproteïnes:
Si voleu veure els arxius obtinguts per a cada pas només cal que cliqueu a sobre del símbol corresponent (només en els casos positius).
Si cliqueu a sobre dels protists de cada taula trobareu una petita discussió dels resultats obtinguts.
Algunes vegades hem obtingut prediccions dolentes amb el programa exonerate i hem decidit fer servir el GeneWise. Per aquesta raó hem posat un asterisc en l'exonerate indicant que no sempre hem fet servir aquest programa per generar l'arxiu corresponent a aquest pas.
EhSEP2
| Nom organisme | Query | tBLASTn | Fastafetch | Fastasubseq | Exonerate* | cDNA | Proteïna | Alineament | SECIS | Conclusió |
| A.taiwanensis | E.huxley |  |
|
|
 |
|
|
|
|
------- |
| B.hominis | E.huxley | |
|
|
|
|
|
|
|
Homòloga |
| C.merolae | E.huxley | |
|
|
|
|
|
|
|
Homòloga |
| C.muris | E.huxley | |
|
|
|
|
|
|
|
Homòloga |
| C.owczarzaki | E.huxley | |
|
|
|
|
|
|
|
Homòloga |
| C.parvum | E.huxley | |
|
|
|
|
|
|
|
Homòloga |
| E.siliculosus | E.huxley | |
|
|
|
|
|
|
|
Homòloga |
| H.arabidopsidis | E.huxley | |
|
|
|
|
|
|
|
Homòloga |
| N.gruberi | E.huxley | |
|
|
|
|
|
|
|
Homòloga |
| P.pallidum | E.huxley | |
|
|
|
|
|
|
|
Homòloga |
| P.tricornutum | E.huxley | |
|
|
|
|
|
|
|
Homòloga |
| P.ultimum | E.huxley | |
|
|
|
|
|
|
|
Homòloga |
| S.parasitica | E.huxley | |
|
|
|
|
|
|
|
Homòloga |
| T.trahens | E.huxley | |
|
|
|
|
|
|
|
Homòloga |
Per a veure la discussió referent a aquesta família feu click aquí.
Sel O
| Organisme | Query | tBLASTn | Fastafetch | Fastasubseq | Exonerate* | cDNA | Proteïna | Alineament | SECIS | Conclusió |
| A.taiwanensis | E.siliculosus | |
|
|
|
|
|
|
|
 |
| B.hominis | E.siliculosus | |
|
|
|
|
|
|
|
------- |
| C.merolae | Ricinus sp | |
|
|
|
|
|
|
|
Homòloga |
| C.muris | E.siliculosus | |
|
|
|
|
|
|
|
------- |
| C.owczarzaki | P.infestans | |
|
|
|
|
|
|
|
Homòloga |
| C.parvum | E.siliculosus | |
|
|
|
|
|
|
|
------- |
| E.siliculosus | E.siliculosus | |
|
|
|
|
|
|
|
Homòloga |
| H.arabidopsidis | P.infestans | |
|
|
|
|
|
|
|
Homòloga |
| N.gruberi | P.infestans | |
|
|
|
|
|
|
|
Homòloga |
| P.pallidum | E.siliculosus | |
|
|
|
|
|
|
|
------- |
| P.tricornutum | A.anophagefferens | |
|
|
|
|
|
|
 |
Selenoproteïna |
| P.ultimum | P.infestans | |
|
|
|
|
|
|
|
Homòloga |
| P.parasitica | P.infestans | |
|
|
|
|
|
|
|
Homòloga |
| T.trahens | P.infestans | |
|
|
|
|
|
|
 |
Selenoproteïna |
Per a veure la discussió referent a aquesta família feu click aquí.
Sel S
| Nom organisme | Query | tBLASTn | Fastafetch | Fastasubseq | Exonerate* | cDNA | Proteïna | Alineament | SECIS | Conclusió |
| A.taiwanensis | C.intestinalis | |
|
|
|
|
|
|
|
------- |
| B.hominis | C.intestinalis | |
|
|
|
|
|
|
|
------- |
| C.merolae | C.intestinalis | |
|
|
|
|
|
|
|
------- |
| C.muris | C.intestinalis | |
|
|
|
|
|
|
|
------- |
| C.owczarzaki | C.intestinalis | |
|
|
|
|
|
|
|
------- |
| C.parvum | C.intestinalis | |
|
|
|
|
|
|
|
------- |
| E.siliculosus | C.intestinalis | |
|
|
|
|
|
|
|
------- |
| H.arabidopsidis | C.intestinalis | |
|
|
|
|
|
|
|
------- |
| N.gruberi | C.intestinalis | |
|
|
|
|
|
|
|
------- |
| P.pallidum | C.intestinalis | |
|
|
|
|
|
|
|
------- |
| P.tricornutum | C.intestinalis | |
|
|
|
|
|
|
|
------- |
| P.ultimum | C.intestinalis | |
|
|
|
|
|
|
|
------- |
| S.parasitica | C.intestinalis | |
|
|
|
|
|
|
|
------- |
| T.trahens | C.intestinalis | |
|
|
|
|
|
|
|
------- |
Per a veure la discussió referent a aquesta família feu click aquí.