T.trahens
Com s'observa ens els resultats del tBLASTn, els E-values obtinguts són significatius i molt bons (veure resultats a la taula). A més, s’alinea la selenocisteïna de la query amb un codó stop de l’organisme. Això ens indica, per tant, que molt probablement la Sel O en T. trahens és una selenoproteïna.
Per aquest motiu, vam seguir el procediment tal i com està establert en l'apartat de materials i mètodes. La proteïna predita per l’exonerate conté un codó stop en el lloc on esperaríem la selenocisteïna.
Finalment, en efectuar el t-coffee observem que la proteïna tal i com esperàvem alinea el seu codó Stop amb la selenocisteïna de la query. Per confirmar que es tracta d’una selenoproteïna de la familia que cercavem vam realitzar un BLASTp online i vam veure que els primers hits corresponien a proteïnes de la familia de Sel O. Per tant, podem afirmar que estem davant d'una selenoproteïna.
Cal esmentar que hem probat de córrer el BLAST amb diferents querys ( E.siliculosus i P.infestans). Cap de les dues ens permetia obtenir la part final de la selenoproteïna i per tant, no podíem saber si es tractava d’una proteïna homòloga o d’una selenoproteïna. Per intentar aconseguir la seqüència completa o almenys l’última part que és la que ens interessava, vam allargar el fastasubseq però no vam tenir èxit.
Una altra estratègia que vam fer servir, va ser fer un tBLASTn de la proteïna obtinguda contra tot el genoma per veure si realment el hit obtingut es trobava en el nostre contig o no. En aquest cas, vam veure que si que concordava el hit obtingut amb la regió del contig que estàvem analitzant.
A continuació, vam pensar que l’exonerate no ens alineava l’última part de la seqüència perquè la query i el propi organisme divergien molt en aquesta part però el tBLASTn si que ens ho conseguia aliniar. Per solucionar aquest problema, vam fer una query mixta amb el principi de P.infestans que sí ens alineava i amb la part final del propi organisme que sortia alineada amb el tBLASTn.
En tornar córrer tots els programes segons el protocol establert vam obtenir la selenoproteïna que esperàvem. Per demostrar que realment la proteïna es trobava en el genoma i en el contig predit, vam fer un tBLASTn de la proteïna obtinguda i el genoma de l’organisme. Els resultats obtinguts demostraven que la selenoproteïna es trobava en el genoma i a més, en el contig i les posicions predites. Per confirmar que es tractava d’una selenocisteïna, hem anat a l’arxiu que conté el cDNA (veure taula) i hem mirat si en la posició corresponent a la selenocisteïna hi havia un codó ATG. Aquest és el que codifica per una selenocisteïna i, per tant, confirmem que es tracta d’una selenoproteïna.
A continuació vam procedir a la cerca d’elements SECIS. En el mode STRICT de la pàgina SECISearch no vam obtenir-ne cap. Com que prèviament, havíem demostrat que era una selenoproteïna, la proteïna havia de contenir algun element SECIS. Per aquest motiu vam baixar els nivells d’energia requerits perquè el programa ens mostrés SECIS, i conseqüentment en vam obtenir nou. La majoria d’aquests tenien un score molt dolent (per sota d’1), excepte un que tenia un score bo (14) i l’estructura del qual era semblant a la predita per les selenoproteines Sel O.