Abstract
Recentment s'ha demostrat l'existència d'un vint-i-unè aminoàcid, la seleocisteïna (Sec, U), codificat per un codó stop, l'UGA. Aquest fet dificulta la seva recerca degut a interpretacions errònies alhora de predir proteïnes. Per aquest motiu, s'ha realitzat aquest projecte de recerca en el qual hem estudiat selenoproteïnes en organismes protists seqüenciats en els darrers anys.
L'objectiu d'aquest treball és la identificació de les selenoproteïnes de les famílies EhSEP2, SelO i SelS mitjançant eines bioinformàtiques, concretament hem utilitzat els programes BLAST, Exonerate, Genewise, T-coffee i Jalview. A més a més, hem extès la nostra cerca a l'anàlisi de la maquinària implicada en la síntesi d'aquestes proteïnes amb l'objectiu d'interpretar millor els resultats obtinguts i ampliar els nostres coneixements.
Els nostres resultats revelen l'existència de selenoproteïnes de la família de SelO en els genomes de P.tricornutum i T.trahens i de proteïnes homòlogues en cisteïna en C.merolae, C.owczarzaki, E.siliculosus, H.arabidopsidis, N.gruberi, P.ultimum i S.parasitica. D'altra banda, la família de proteïnes EhSEP2 està present en els genomes de tots els organismes testats en forma de proteïnes homòlogues en cisteïna, excepte en A.taiwanensis. Finalment, en la família SelS no hem obtingut resultats significatius amb les eines emprades.
Recently, the existence of the twenty-first aminoacid, selenocistein (Sec, U) has been proved. Selenocistein is encoded by a stop codon (UGA), which causes misinterpretation when predicting this kind of proteins. For this reason, we carried out this research project in which we studied the three families of selenoproteins in protists organisms sequenced during the last years.
The aim of this study is the identification of the families EhSEP2, SelO and SelS, using bioinformatics tools such as BLAST, Exonerate, Genewise, T-Coffee and Jalview. In addition, we have extended our research to the analysis of the machinery involved in the synthesis of these proteins in order to improve the interpretation of our results, as well as, to broaden our knowledge about this particular kind of proteins.
Our results reveal the existence of SelO in the genomes of P.tricornutum and T.trahens, and the presence of homologous proteins with cysteine in C.merolae, C.owczarzaki, E.siliculosus, H.arabidopsidis, N.gruberi, P.ultimum and S.parasitica.
Meanwhile, the EhSEP2 protein family is found in all the genomes of the organisms studied. They were all homologous with cysteine, except A.taiwanensis. Finally, the SelS family has not reveal any significant results with the used tools.