Discussió Sel O
Un dels principals problemes que ens han sorgit durant la cerca d’aquesta família de selenoproteïnes ha estat la llargada d’aquesta mateixa (672 aminoàcids). Tal i com veiem en l’alineament múltiple, predir els primers exons de la proteïna no ha estat possible en cap dels casos, excepte en l’organisme E.siliculosus que era la nostra query de partida.
Malgrat tot, hem aconseguit predir la resta d’exons de la proteïna en la majoria del casos excepte B.hominis, C.muris, C.parvum i P.pallidum. En aquests organismes ha estat impossible continuar l’anàlisi ja que tant l’exonerate com el genewise no donaven cap resultat.
Un altre problema que ens ha sorgit durant la recerca és que la cisteïna homòloga de la query es troba al final de la proteïna, concretament en l’antepenúltima posició d’aquesta. Així doncs, era necessari obtenir els últims exons de la proteïna per tal de conèixer si es tractava d’una proteïna d’aquesta família i, alhora, saber si era una selenoproteïna o una proteïna homòloga en cisteïna. A més a més, el fet de que l'aminoàcid d'interés estigui al final de la proteïna no ens permet comprovar si darrere del codó TGA (cas selenocisteïnes) hi ha conservació o no. En cas d'haver pogut observar conservació tindríem una demostració de que es estem davant d'una selenoproteïna.
Els organismes que presenten una selenoproteïna d’aquesta família són P.tricornutum i T.trahens. En canvi, els organismes que contenen una proteïna homòloga en cisteïna són S.parasitica, C.merolae, P.ultimun, C.owczarzaki, E.siliculosus, H.arabidopsidis i N.gruberi. Per confirmar-ho, vam realitzar un BLASTp online amb les proteïnes predites tot observant que aquestes contenen un domini comú, anomenat UPF0061.
En l’alineament múltiple d’aquestes proteïnes observem que hi ha diverses regions àmpliament conservades. Creiem que aquestes corresponen als dominis més importants en la funció d’aquesta família de proteïnes.
.png)
La proteïna obtinguda en l’organisme A.taiwanensis és molt més curta del que s’esperaria per una proteïna d’aquesta família. Per aquest motiu, vam realitzar un BLASTp per comprovar sí contenia el domini UPF0061, que és el domini conservat d’aquesta família. Els resultats revelen que conté part d’aquest domini i que els primers hits pertanyen a proteïnes de la nostra família.
Conseqüentment, creiem que aquest organisme pot presentar proteïnes de la família del SelO però amb les eines que disposem no hem estat capaces de trobar més exons de la proteïna entre ells, l’últim que és el que necessitem per esbrinar de quin tipus de proteïna es tracta. Per aquest motiu, no hem inclòs aquest organisme en l’alineament múltiple.
En l’arbre hi ha un recull dels resultats obtinguts en els treballs dels últims quatre anys on es poden observar les diferents selenoproteïnes o proteïnes homòlogues amb cisteïna obtingudes. Com es pot observar en l'arbre, la relació filogenètica no està gaire clara. No obstant, sí que veiem que organismes prou allunyats filogenèticament la presenten, i per tant, podem pensar que l'ancestre comú d'aquests organismes tenia aquesta proteïna. Alguns organismes, però l'han mantingut i altres l'han perdut. Ara bé, caldria revisar més detalladament els genomes estudiats en altres anys per tal de determinar si realment no contenen la proteïna i extreure conclusions més detallades.
Cal remarcar que les selenoproteïnes d'aquesta familia solen estar mal anotades a les bases de dades degut a la posició terminal de la selenocisteïna.