E.siliculosus
Tal i com veiem en els resultats del tBLASTn, els tres primers hits tenen un E-value similar, són significatius (1e-8, 3e-8,3e-7), i tenen la selenocisteïna alineada amb una cisteïna del genoma d’aquest organisme, fet que ens indica que probablement ens trobem davant d’una proteïna homòloga.
En principi vam agafar, el primer hit per tal de realitzar tot el procés explicat a materials i mètodes. En finalitzar-lo i realitzar el t-coffee, vam veure que la proteïna era molt curta i l’alineament corresponent a aquest organisme era acceptable. Per aquest motiu, vam decidir provar amb el segon i el tercer millors hits.
La proteïna obtinguda amb el segon hit, era més llarga i també alineava acceptablement, però contenia molts codons stops. El tercer hit no vam ser capaces de correr el exonerate ni el genewise. Per tant, vam decidir quedar-nos amb la proteïna obtinguda amb el primer hit i vam realitzar un BLASTp online.
En el BLASTp vam observar que es tracta d’una proteïna homòloga en cisteïna, és a dir, pertany a la família de les Disulfit Isomerasses (PDI). Aquesta familia és la homòloga a la selenoproteïna EhSEP2, i té un domini tioredoxina molt conservat.
Finalment, vam fer la cerca d’elements SECIS a través de la pàgina web SECISearch, però no en vam trobar cap de significatiu.