Discussió EhSEP2
En la família EhSEP2, els resultats obtinguts mostren homologia en tots els organismes excepte en A.taiwanensis . Tal i com podem veure en l’alineament múltiple existeixen uns alts nivells de conservació en el domini on es troba la selenocisteïna en la query, i per tant, la nostra cisteïna homòloga. Aquest fet probablement indica que aquest domini té importància en la funció de la proteïna.
Cal comentar que en aquest alineament no hem afegit C.parvum i C.muris ja que la proteïna obtinguda era molt curta i en fer l'alineament amb la resta de proteïnes no s'alineaven correctament. De totes maneres, seguim considerant que són homòlogues perquè el seu t-coffee sortia perfectament, tal i com hem comentat en la discussió d'aquests organismes. Aquest problema es pot deure bàsicament a les limitacions que presenten els programes d'alineament múltiple degut a la dependència del primer alineament entre les dues seqüències més semblants.
Tal i com s’ha comentat a la introducció, les proteïnes homòlogues en cisteïna a EhSEP2 formen part de la família de les Disulfit Isomerasses (PDI). Totes les proteïnes d’aquesta família tenen un domini tioredoxina molt conservat present a la regió N-terminal, i amb una seqüència consens [UC]XXC, és a dir, la primera cisteïna és la homòloga a la selenocisteïna. A més a més, també s’ha reportat que aquest motiu és essencial per a l’activitat d’aquest enzim, és a dir, en la seva absència l’enzim no és funcional.
Per una altra banda, la proteïna que hem predit per a E.siliculosus és massa curta, però com conserva el domini redox hem considerat que és una proteïna homòloga.
Com veiem, en les proteines obtingudes, el domini conservat és una petita regió, mentre que la resta de dominis no es mantenen constants. Sota el nostre punt de vista, la resta de regions no estan sotmeses a tanta pressió selectiva, i per això la seva seqüència pot variar. Segurament, una mutació al domini conservat, tindrà pitjors conseqüències. A més a més, creiem que d’aquesta família, possiblement ens falten els últims exons de la proteïna. Per això, vam realitzar un BLASTp online amb les proteïnes obtingudes, per veure si es tractava de EhSEP2 o de qualsevol altra proteïna amb dominis tioredoxina. Els resultats obtinguts vam observar, que els primers hits corresponien a proteïnes de la familia EhSEP2.
En l’arbre hi ha un recull dels resultats obtinguts en els treballs dels últims tres anys, on es poden observar les diferents selenoproteïnes o proteïnes homòlogues en cisteïna obtingudes. Com podem veure en l'arbre, aquesta família s'ha mantingut en forma de proteïna homòloga en cisteïna en la majoria de protists. Cal tenir en compte, però, que la majoria dels organismes dels primers anys (2008-2009) no la tenen anotada ja que no va ser cercada. Per tant, caldria investigar més per tal de poder acabar de determinar les relacions filogenètiques.
