P.ultimum
Com podem observar en el BLAST el primer hit la cisteïna de la nostre query homòloga es troba alineada amb una cisteïna del genoma del organisme. Això ens dóna un primera idea de l'existència d'una selenoproteïna homòloga amb cisteïna en P.ultimum.
Per aquest motiu vam continuar tot el procés explicat en materials i mètodes (mirar fitxers taula). Finalment, en el t-coffee observem que la proteïna tal i com esperàvem conté una cisteïna que alinea amb la cisteïna de la query. Per demostrar que ens trobàvem davant d’una proteïna homòloga vam realitzar un BLASTp online i vam veure que els primers hits corresponien a proteïnes de la familia de Sel O (selenoproteïnes o homòlogues). Per tant, podem afirmar que estem davant d'una proteïna homòloga amb cisteïna.
No obstant, per aconseguir obtenir, tota la proteïna, vam haver d’ampliar la regió genòmica extreta, ja que primerament, ens faltaven els últims exons de la proteïna, que a més és on es troba la cisteïna. A més, si ampliàvem massa, obteniem una proteïna massa llarga, que tampoc era correcte. Per aquest motiu, vam decidir utilitzar el genewise, enlloc de l’exonerate, per veure quina predicció ens feia.
Finalment, vam aconseguir que ens fes la predicció correcte, fent-nos adonar, de les diferències d’aquests dos programes tot i tenir una funció similar. No sabem perquè, però el genewise en aquest cas no ens va crear la seqüència proteica i per tant, vam haver d’utilitzar el fastatranslate.
A continuació vam fer la cerca d’elements SECIS, però no vam poder determinar-ne cap de significatiu. .