C.merolae

Com s'observa ens els resultats del tBLASTn, el hit més significatiu alinea la cisteïna homòloga de la query amb una cisteïna en l'organisme. Això ens dóna un primera idea de l'existència d'una proteïna homòloga amb cisteïna en C.merolae.

Per aquest motiu, vam seguir el procediment tal i com està establert en l'apartat de materials i mètodes. Finalment, en el t-coffee observem que la proteïna tal i com esperàvem conté una cisteïna que alinea amb la cisteïna de la query. Per demostrar que ens trobàvem davant d’una proteïna homòloga vam realitzar un BLASTp online i vam veure que els primers hits corresponien a proteïnes de la familia de Sel O (selenoproteïnes o homòlogues). Per tant, podem afirmar que estem davant d'una proteïna homòloga amb cisteïna.

Cal dir però, que per obtenir els resultats finals hem hagut de variar les querys fins trobar-ne una (query de Ricinus sp.) que ens permetés predir la majoria d'exons de la proteïna. Per obtenir les querys alternatives el que vam fer va ser un BLASTp online amb la primera proteïna predita de forma incorrecta per l'exonerate. El primer hit obtingut és el que vam determinar com a nova query. Malgrat això, encara faltaria predir el principi de la proteïna ja que com es veu en el t-coffee l'alineament no és complert.

El fet de que la millor query fos una proteïna homòloga en cisteïna de Ricinus sp. ens indica que possiblement aquest organisme està filogenèticament més relacionat amb les plantes que no pas els altres organismes.

A continuació vam fer la cerca d’elements SECIS, però no vam poder determinar-ne cap de significatiu.

Tornar a la taula