Discussió SEC43p
Per aquesta família hem obtingut hits significatius en el tBLASTn per a tots els organismes, excepte en A.taiwanensis. Per tant, per aquest organisme no hem continuat el procediment establert.
D'altra banda, seguint aquest mateix procediment, C.muris donava lloc a una proteïna amb codons stop, per això hem optat per fer el genewise, obtenint així un resultat millor. Per a la resta de organismes, hem continuat amb el procediment explicat a materials i mètodes. En el cas de B.hominis , vam obtenir una proteïna massa curta, per aquest motiu, vam intentar ampliar la regió genòmica extreta. Vam aconseguir allargar l'extrem C-terminal de la proteïna, però no la regió N-terminal.
En realitzar l'alineament vam observar que aquest factor tenia diversos dominis conservats en tots els organismes. Ens va sobtar que la proteïna de C.parvum i P.pallidum presentaven alguns dominis de més. Per aquest motiu, vam realitzar un BLASTp online i ens vam adonar que, a diferència de la proteïna Sec 43p que conté dos dominis RNA Recognition Motifs (RRM), aquests en contenen tres. Els primers hits obtinguts corresponien a altres proteïnes d'unió al RNA (RNP-1 i poly-A binding protein). Així doncs, creiem que en aquests dos organismes hem extret algun altre factor diferent d'unió al RNA, però com que també té motius conservats amb el factor Sec 43p, el BLAST ha obtingut hits significatius, i no hem obtingut la proteïna que cercàvem.
En la resta d'organismes, el BLASTp online realitzat ens indica que les proteïnes obtingudes formen part de la família de les Sec 43p i són amb les que hem realitzat l'alineament multiple, inclosa la proteïna obtinguda de l'organisme B.hominis.
Finalment, cal esmentar que no hem pogut predir tota la proteïna sencera, ja que es tracta d'un factor bastant llarg, i per tant, la regió C-terminal ens ha estat impossible d'obtenir.