Discussió SBP2
Per aquesta família de proteïnes, en els organismes A.taiwanensis, B.hominis,C.merolae i H.arabidopsidis i no hem obtingut cap hit significatiu en tBLASTn, per tant, amb les eines de que disposem, no hem pogut trobar aquesta proteïna en els organismes esmentats anteriorment. Pel que fa la resta d'organismes, hem seguit el procediment esmentat a materials i mètodes, obtenint així l'alineament múltiple.
L'alineament múltiple ens mostra que els organismes C.muris, C.owczarzaki, C.parvum, N.gruberi, P.tricornutum i T.trahens mantenen un domini molt conservat localitzat a la part final de la proteïna SBP2. Per esbrinar a què pertany aquest domini vam realitzar diferents BLASTp per a cadascuna de les proteïnes obtingudes. El que vam obtenir és que aquestes proteïnes contenen un domini comú amb la superfamília de Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family, el qual no és específic per una família concreta de proteïnes. En conseqüència, pot ser que moltes altres proteïnes implicades en la traducció el continguin. En canvi, vam observar que els hits obtinguts pertanyien a proteïnes de la família de les SECIS Binding Proteins 2.
En resum, creiem que hem obtingut només el domini conservat d'aquesta proteïna i no hem estat capaces d'obtenir-la tota. Amb la informació que disposem no podem assegurar que es tracta d'aquesta família de proteïnes tot i que els resultats del BLASTp semblen indicar que sí.
En els organismes S.parasitica i P.pallidum, tot i haver obtingut hits significatius en el BLAST, en continuar amb el procediment explicat a materials i mètodes, no hem pogut realitzar satisfactòriament el exonerate, i en provar amb el genewise, hem obtingut una proteïna truncada, que no s'alinea correctament, i segons els resultats del BLASTp no forma part d'aquesta família. Cal dir, que no hem pogut provar amb un altre hit, ja que en el BLAST d'aquests organismes només en conté un de significatiu.
Per últim, comentar que E.siliculosus no vam trobar cap hit significatiu amb el tBLASTn, però si que vam trobar la proteïna a l'NCBI. Per aquest motiu l'hem inclòs a la nostra taula.