Resultats

A la taula següent es recullen tots els arxius obtinguts durant el procés de recerca de les selenoproteïnes SelI i MSP. En alguns organismes, els hits del tBLASTn no eren significatius (tenien un E-value superior a 10-4) de manera que no vam prosseguir amb l'anàlisi. En d'altres organismes, hits significatius en tBLASTn no donaven cap resultat amb Exonerate. En tots aquests casos, les caselles corresponents estan buides.

D'altra banda, en tots els casos es mostren els resultats de Genewise encara que a l'hora de predir l'estructura del gen hem utilitzat de forma majoritària Exonerate. A la columna proteïna s'indica quin ha estat el programa utilitzat per a fer la predicció de l'estructura del gen i, a partir d'aquesta, s'ha continuat el procés. Pel que fa la localització dels exons i el cDNA, els arxius s'han generat a partir d'Exonerate.

Cada casella de la taula conté el link al document corresponent.

Cerca de la selenoproteïna SelI


SelI
tBLASTn Hits (E-value) Exonerate Localització dels exons cDNA Proteïna Genewise T-Coffee BLASTp (NCBI) Elements SECIS
Albugo laibachii 3·10-86 No Ampliat No
Ampliat		 Pauta 1 Veure Alineament -
Ampliat Ampliat Pauta 2 Ampliada Alineament -
Astrammina rara - - - - - - - - -
Crithidia fasciculata 4·10-35 Veure Veure Exonerate Veure Alineament -
4·10-35 Veure Veure Exonerate Veure Alineament -
2·10-32 Veure Veure Exonerate Veure Alineament -
Dictyostelium discoideum 7·10-32 Veure Veure Exonerate Veure Alineament -
1·10-22 Veure Veure Exonerate Veure Alineament -
Dictyostelium fasciculatum 4·10-31 Veure Veure Genewise Veure Alineament -
1·10-23 Veure Veure Genewise Veure Alineament -
Fragilariopsis cylindrus 6·10-34 Veure Veure Exonerate Veure Alineament -
6·10-34 Veure Veure Exonerate Veure Alineament -
2·10-19 Veure Veure Exonerate Veure Alineament -
Gregarina niphandrodes 7·10-12 Veure Veure Exonerate Veure Alineament -
6·10-6 - - - Genewise Veure Alineament -
Ichthyophthirius multifiliis 2·10-23 Veure Veure Exonerate Veure Alineament -
9·10-11 - - - - Veure - - -
Leishmania donovani 9·10-31 Veure Veure Exonerate Veure Alineament -
9·10-30 Veure Veure Genewise Veure Alineament -
Leishmania tarentolae 7·10-31 Veure Veure Genewise Veure Alineament -
Phytophthora capsici 0 Veure Veure Exonerate Veure Alineament -
9·10-48 Veure Veure Exonerate Veure Alineament -
7·10-24 Veure Veure Exonerate Veure Alineament -
Physarum polycephalum 2·10-14 Veure Veure Exonerate Veure Alineament -
3·10-9 Veure Veure Exonerate Veure Alineament -
4·10-8 Veure Veure Exonerate Veure Alineament -
Sphaeroforma arctica 10-7 Veure Veure Exonerate Veure Alineament -
7·10-7 Veure Veure Exonerate Veure Alineament -
Trypanosoma congolense 9·10-33 Veure Veure Exonerate Veure Alineament -

Cerca de la selenoproteïna MSP


MSP
tBLASTn Hits (E-value) Exonerate Localització dels exons cDNA Proteïna Genewise T-Coffee BLASTp (NCBI) Elements SECIS
Albugo laibachii - - - - - - - - -
Astrammina rara - - - - - - - - -
Crithidia fasciculata - - - - - - - - -
Dictyostelium discoideum 10-102 Veure Veure Genewise Veure Alineament -
Dictyostelium fasciculatum 9·10-61 Veure Veure Exonerate Veure Alineament -
Fragilariopsis cylindrus - - - - - - - - -
Gregarina niphandrodes - - - - - - - - -
Ichthyophthirius multifiliis - - - - - - - - -
Leishmania donovani - - - - - - - - -
Leishmania tarentolae - - - - - - - - -
Phytophthora capsici - - - - - - - - -
Physarum polycephalum 6·10-7 Veure Veure Exonerate Veure Alineament -
Sphaeroforma arctica 10-4 Veure Veure Exonerate Veure Alineament -
Trypanosoma congolense - - - - - - - - -

Resultats de la maquinària


A l’hora de comentar els resultats obtinguts en la recerca de la maquinària de traducció i síntesi de selenoproteïnes, ens fixem en aquells organismes en que la cerca de les famílies de selenoproteïnes SelI i MSP ha resultat positiva. El que volem fer al cercar les proteïnes implicades en la traducció en aquests genomes és confirmar els nostres resultats, ja que si són organismes que tenen selenoproteïnes també han de tenir les eines necessàries per a poder-les sintetitzar. En aquest apartat (Maquinària de traducció) es mostren aquests resultats.

Tornar a dalt