Resultats de SelI
F. cylindrus
El tBLASTn ens reporta tres hits significatius en tres contigs diferents. En un primer contig, scaffold_101, obtenim un hit amb un E-value de 6x10-34. En un segon contig, scaffold_23, obtenim un altre hit amb el mateix E-value que el hit anterior. En un tercer contig, scaffold_2, obtenim dos hits: des del residu 41 al 443 amb un E-value de 2x10-19 i des del 246 al 324 amb un E-value de 4,2 (aquest darrer hit no el consideraríem significatiu i, per tant, no el tindrem en compte per a anàlisis posteriors). En cap dels hits obtinguts per als tres contigs s'aconsegueix alinear la selenocisteïna.
Per al primer contig (scaffold_101), Exonerate dóna dos alineaments, de manera que prediu dos exons per separat però no prediu cap intró que separi aquests dos exons. Els alineaments que s'obtenen són des del residu 34 al 108 i des del 121 al 234, així que no s'aconsegueix alinear la selenocisteïna. Per al segon contig (scaffold_23), Exonerate proporciona un resultat idèntic a l'obtingut per al contig anterior. Per últim, Exonerate prediu per al contig scaffold_2 un únic exó i alinea des del residu 41 al 202. Així doncs, en cap dels tres contigs s'aconsegueix alinear la selenocisteïna.
Amb el programa Genewise, per als dos primers contigs (scaffold_101 i scaffold_23) prediu un únic exó i alinea des del residu 34 al 234, com en el cas de Exonerate. Per al tercer contig, scaffold_2, Genewise prediu un únic exó i alinea des del residu 80 fins al 93, així que el resultat que ens proporciona no és tan bo com el de Exonerate. Com que el resultat de Exonerate per als dos primers contigs és semblant al de Genewise i, en el cas del tercer contig, el resultat de Exonerate és molt millor, continuem l'anàlisi amb el resultat obtingut a partir de Exonerate.
L'alineament amb Tcoffee del hit en el primer contig, scaffold_101, dóna un score de 87 però només alinea la primera regió de la proteïna amb un grau de conservació força bo però no perfecte. Com a conseqüència, no alinea la selenocisteïna ja que es troba a la regió C-terminal de la proteïna. Pel que fa a l'alineament amb Tcoffee del hit en el segon contig, scaffold_23, el resultat és el mateix que per l'scaffold _101.
L'alineament amb Tcoffee del hit en el tercer contig, scaffold_2, dóna un score de 94 i alinea la regió C-terminal de la proteïna, de forma menys extensa que en els dos casos anteriors però amb major grau de conservació. Tampoc s'aconsegueix alinear la selenocisteïna.
Tenint en compte els resultats obtinguts, és probable que s'hagi produït una triplicació, de manera que dues de les còpies (les contingudes en els scaffolds 101 i 23) han degenerat en certa manera respecte la query i la tercera (continguda a l'scaffold 2), en canvi, s'ha mantingut força similar respecte la query (tenint en compte només la regió analitzada).
Pel que fa al resultat del BLASTp contra la base de dades de l'NCBI amb les proteïnes predites, en els tres casos ens reporta com a hit la CDP-alcohol fosfatidiltransferasa de P.infestans amb un E-value de 3x10-40. Cal comentar que l'NCBI no té anotada la SelI, predita per altres grups, de P.infestans. Tanmateix, el que podem concloure, tenint en compte que només alinea la regió amino terminal de la proteïna, és que recuperem la query inicial i que les proteïnes predites en els tres contigs presenten certa homologia amb la regió aminoterminal de la SelI de P.infestans però en cap cas es tracta de selenoproteïnes.