Resultats de SelI
D. fasciculatum
El tBLASTn ens reporta quatre hits significatius en quatre contigs diferents, dels quals comencem analitzant els dos primers ja que la resta, encara que tenen un bon E-value, els alineaments obtinguts presenten molts gaps. En el contig gi|328868227|gb|GL883021.1|, el tBLASTn ens reporta tres hits: des del residu 97 al 263 (E-value de 4x10-31), des del 294 al 376 (E-value 4x10-31) i des del 38 al 82 (E-value de 0.004). Aquest darrer hit no el tenim en compte per a l'anàlisi ja que l'E-value no és significatiu. En el contig gi|328873752|gb|GL883009.1|, el programa ens reporta dos hits: des del residu 41 al 255 (E-value de 1x10-23) i des del 286 al 443 (E-value 5x10-07). En cap dels hits obtinguts en els dos contigs s'aconsegueix alinear la selenocisteïna.
Per al contig gi|328868227|gb|GL883021.1|, Exonerate alinea des del residu 83 al 232 i prediu un gen amb un únic intró. Per al contig gi|328873752|gb|GL883009.1|, ens alinea des del residu 41 al 155 i prediu un gen amb un únic intró.
Pel que fa a la predicció de Genewise, aquest ens prediu per al contig gi|328868227|gb|GL883021.1| un gen amb un únic intró però, a diferència de Exonerate, ens alinea des del residu 37 al 376. A més, també prediu un petit exó des del residu 246 al 268 però que no tenim en compte ja que aquesta regió ja està inclosa en l'alineament anterior. En el contig gi|328873752|gb|GL883009.1|, el programa ens prediu un gen amb tres introns i ens alinea des del residu 49 al 373. També prediu un petit exó des del residu 343 al 365 però tampoc el tenim en compte ja que és una regió que ja es troba inclosa en l'alineament anterior. Així doncs, aquests resultats es troben en concordança amb el que havíem obtingut amb el tBLASTn i és per aquest motiu que continuem l'anàlisi amb aquests resultats.
L'alineament amb Tcoffee a partir de la proteïna predita en el contig gi|328868227|gb|GL883021.1| ens dóna un score de 93 i ens alinea gairebé la totalitat de la proteïna exceptuant les regions amino i carboxi terminal. A més, la regió central de l'alineament no es troba gaire conservada però la resta presenta un grau de conservació força bo. Tanmateix, com que la regió C-terminal no es troba conservada, no ens alinea la selenocisteïna.
Pel que fa a l'alineament amb Tcoffee de la proteïna predita en el contig gi|328873752|gb|GL883009.1| obtenim un score de 85 i ens alinea amb un grau de conservació relativament bo la majoria de la proteïna exceptuant les regions N- i C-terminal. Així doncs, no aconseguim alinear la selenocisteïna.
Al realitzar un BLASTp amb la proteïna predita del contig gi|328868227|gb|GL883021.1| contra la base de dades de l'NCBI, el primer hit que s'obté és una CDP-alcohol fosfatidiltransferasa de D.fasciculatum amb un E-value menor a 10-200, una identitat del 88% i alinea des del residu 1 al 340 de la query, que ara és la proteïna predita. Així doncs, la proteïna predita pot tractar-se d'una CDP-alcohol fosfatidiltransferasa.
Pel que fa al resultat del BLASTp utilitzant com a query la proteïna predita del contig gi|328873752|gb|GL883009.1|, el primer hit també és la CDP-alcohol fosfatidiltransferasa de D.fasciculatum amb un E-value menor a 10-200, una identitat del 94% i alinea des del residu 1 al 323 de la query. Així doncs, en aquest cas també podríem haver predit una CDP-alcohol fosfatidiltransferasa i podria tractar-se d'una duplicació, de manera que les dues proteïnes han degenerat.Tanmateix, les proteïnes predites no són selenoproteïnes.