Resultats de MSP
D. discoideum AX4
Els tBLASTn amb la query MSP de D.discoideum_AX4 reporta un hit en el contig gb|CM000151.3| amb un E-value de 1x10-102, degut a que estem estem buscant la query en el genoma del mateix organisme. El hit obtingut s'alinea amb la totalitat de la proteïna i, a més, les dues selenocisteïnes de la query estan alineades amb stop codons.
Exonerate prediu un gen amb dos introns i ens alinea la totalitat de la proteïna començant per una metionina. Pel que fa a les selenocisteïnes, la primera es troba alineada amb una asparagina i la segona amb un codó STOP (TGA). L'alineament de la selenocisteïna amb una asparagina no té cap sentit, tenint en compte que estem analitzant el mateix genoma que el de l'organisme de la query. Després de revisar la predicció i tenint en compte els resultats del tBLASTn, pensem que es pot haver produït un error a l'hora de delimitar els exons que ha pogut fer canviar la pauta de lectura i generar una alineació incorrecta.
Per aquest motiu, hem analitzat els resultat de Genewise, el qual alinea les dues selenocisteïnes amb dos codons STOP (TGA). Tanmateix, només prediu un únic intró en el gen.
L'alineament realitzat amb Tcoffee de la proteïna predita amb Genewise i la query presenta un score de 99 i l'alineament és gairebé perfecte.