Resultats de SelI
A. laibachii
El tBLASTn amb la query SelI de P.infestans reporta hits significatius en dos contigs diferents. Pel que fa el contig gi|325190956|emb|FR824343.1|s'obtenen tres hits dels quals només vam considerar-ne dos, ja que eren els que tenien millor E-value (3x10-86) i no es solapaven entre ells. Pel que fa al segon contig, gi|325185906|emb|FR824139.1|, s'obtenen dos hits amb un E-value de 2x10-21 dels quals vam considerar el més llarg, ja que es solapaven. En cap dels dos contigs aconseguim alinear la selenocisteïna. Per tant, es continua l'anàlisi amb dos hits en dos contigs diferents.
Exonerate prediu en el contig emb|FR824343.1| un gen amb quatre introns i ens alinea des de l'aminoàcid 19 al 434, és a dir, ens alinea aproximadament uns 100 residus més que el tBLASTn però no arriba a alinear la selenocisteïna. A l'hora d'escollir la pauta de lectura més adient per tal de traduir el cDNA, ens hem trobat que hi havia dues pautes de lectura que eren possibles ja que tenien el mateix nombre d'STOP codons. Així doncs, hem continuat l'anàlisi amb les dues pautes de lectures.
Al realitzar l'alineament de la query amb les proteïnes predites a partir de les dues pautes de lectura d'A.laibachii amb Tcoffee, ens trobem que l'alineament per a cadascuna de les pautes de lectura és complementari. D'aquesta manera, la proteïna predita amb la pauta de lectura 1 ens alinea molt bé amb la regió de la proteïna propera a l'extrem N-terminal amb un score de 79 (ja que part de la proteïna predita no alinea gaire bé amb l'extrem C-terminal de la query). D'altra banda, la proteïna predita amb la pauta de lectura 3 ens alinea molt bé amb la regió de la query més propera a l'extrem C-terminal amb un score de 71 però no s'alinea gaire bé amb l'extrem N-terminal. A més, en l'alineament amb la proteïna predita a partir de la pauta de lectura 3 detectem que aquest finalitza en una regió propera a la posició de la selenocisteïna.
Per aquest motiu, hem allargat manualment la posició on Exonerate prediu que finalitza el darrer exó. A continuació, hem tornat a fer el Tcoffee i el resultat ha estat que ens alinea la selenocisteïna amb un gap, i aquesta es troba envoltada per residus amb certa similitud amb els de la query.
Pel que fa a l'anàlisi amb Exonerate del hit en el contig gi|325185906|emb|FR824139.1|, ens prediu un gen amb dos introns. Tanmateix, a diferència del contig anterior, Exonerate alinea la proteïna predita fins a l'aminoàcid 245 de la query, de manera que no alinea la selenocisteïna.
El resultat del Tcoffe d'aquest segon contig, alinea la proteïna predita amb un score de 87 i l'alineament és força bo tot i que no alinea la regió de la selenocisteïna.