Resultats de SelI
L. donovani
El tBLASTn reporta dos hits significatius en dos contigs diferents. En el contig_36 obtenim un únic hit amb un E-value de 9x10-31 i alinea des del residu 21 al 430. Tot i que l'alineament s'estén al llarg de gairebé tota la llargada de la proteïna, no alinea la selenoproteïna. En el contig_03, obtenim quatre hits diferents, dels quals només tres són significatius: del residu 40 al 190 (E-value de 9x10-30), del 302 al 387 (E-value de 3x10-17) i del 190 al 232 (E-value de 9x10-30). Així doncs, com que tenen E-values significatius continuem amb els tres hits obtinguts en aquest contig encara que no alinea la selenocisteïna.
Exonerate prediu per al contig_36 un únic exó i alinea des del residu 38 al 237. Per al contig_03 obtenim dos alineaments: un primer alineament amb un únic intró i des del residu 39 al 232 i un segon alineament, corresponent a un únic exó, des del residu 302 al 387.
El resultat de Genewise per al contig_36 és similar a l'obtingut amb Exonerate. La única diferència és que prediu un exó des del residu 313 al 329, però continuarem l'anàlisi amb el resultat de Exonerate ja que aquest darrer exó obtingut presenta una baixa similitud amb la query. Pel que fa al contig_03, Genewise prediu un gen amb dos exons i un intró. El primer exó s'estén des del residu 40 al 232 i el segon des del residu 234 al 378. A més, també prediu un tercer exó molt petit des del residu 333 fins al 344 que es trobaria contingut en l'alineament anterior. Continuarem, doncs, amb el resultat obtingut amb Genewise pel contig_03.
L'alineament amb Tcoffee del hit en el contig_36 presenta un score de 84 i alinea la meitat N-terminal de la proteïna amb un grau de conservació no gaire bo.
L'alineament amb Tcoffee de la proteïna predita en el contig_03 a partir de Genewise dóna un score de 88 i alinea una regió extensa de la proteïna exceptuant els extrems N- i C-i terminal. Així doncs, no alinea la selenocisteïna. També cal comentar que la regió central de l'alineament no es troba gaire conservada.
El BLASTp contra la base de dades de l'NCBI utilitzant com a query la proteïna predita en el contig_36 reporta com a hits colina/etanolamina fosfotransferasa de L.infantum i aminoalcoholfosfotransferasa de diferents espècies del gènere Leishmania i Trypanosoma. Pel que fa al contig_03, els resultats obtinguts són molt similars. En conclusió, les proteïnes predites no són selenoproteïnes.