Resultats de SelI
P. capsici
El tBLASTn amb la query reporta hits significatius en tres contigs diferents. En un primer contig (PHYCAscaffold_29) obtenim dos hits amb un E-value de <10-200 que s'alineen amb la query des del 197 al 449 i del 1 al 196. En un segon contig (PHYCAscaffold_26) obtenim quatre hits amb un E-value de 9x10-48 que s'alineen des del residu 184 al 350, del 40 al 177, del 393 al 430 i del 348 al 387. I al tercer contig (PHYCAscaffold_43) obtenim un hit amb un E-value de 7x10-24. Així doncs, en cap dels tres casos ens alinea la selenocisteïna.
Pel contig PHYCAscaffold_29, Exonerate alinea des del residu 1 fins al 431 i ens prediu un gen amb dos introns. Pel contig PHYCAscaffold_26, alinea des del residu 122 al 370 i prediu dos introns. I pel contig PHYCAscaffold_43, alinea des del residu 64 al 236 i prediu un intró. En cap dels tres casos ens alinea la selenocisteïna.
El resultat del Genewise per al hit en el contig PHYCAscaffold_29 ens alinea des de la posició 1 a la 449 i ens prediu dos introns. Pel que fa al contig PHYCAscaffold_26, Genewise ens alinea des de la posició 40 a la 430 i ens prediu 4 introns. I tenint en compte el contig PHYCAscaffold_43, Genewise ens alinea des de la posició 65 a la 236 i ens prediu un intró.
L'alineament del contig PHYCAscaffold_29 (el qual es va ampliar el darrer exó per tal de intentar alinear la selenocisteïna) amb Tcoffee, dóna un score de 99 i alinea quasi la totalitat de la proteïna (només hi ha un gap al centre de la proteïna i deixa d'alinear la regió C-terminal on es troba a selenocisteïna). En el contig PHYCAscaffold_26, Tcoffee dóna un score de 84 i alinea una bona part de la proteïna. Ens alinea la part central de la proteïna, i dins d'aquest alineament, la regió del mig es troba poc conservada. I per últim, en el contig PHYCAscaffold_43, Tcoffee dóna un score de 96 i alinea una regió del centre de la proteïna. En cap dels tres contigs s'alinea la selenocisteïna.
El BLASTp contra la base de dades de l'NCBI i el contig PHYCAscaffold_29 ens retorna, amb un E-value de <10-200, la CDP-alcohol fosfatidiltransferasa de P.infestans T30-4 (amb una identitat del 85%) i de A.laibachii Nc14 (amb una identitat del 65%). El BLASTp del contig PHYCAscaffold_26 ens retorna, amb un E-value de 10-138, la CDP-alcohol fosfatidiltransferasa de P.infestans T30-4. I en el BLASTp del contig PHYCAscaffold_43 ens retorna, amb un E-value de 10-108, la CDP-alcohol fosfatidiltransferasa de P.infestans T30-4. Així doncs, la proteïna que hem predit segurament es tracta de CDP-fosfatidiltransferasa.
Aquest organisme també s'ha provat amb la query de Human de SelI però els resultats no han estat ser millors que els obtinguts amb la query de P.infestans (veure).