Resultats de SelI
D. discoideum AX4
El tBLASTn amb la query reporta hits significatius en dos contigs diferents. En un primer contig (gi|93569092|gb|CM000152.2|) obtenim un hit amb un E-value de 7x10-32 que s'alinea amb la query des del residu 34 al 388. En un segon contig (gi|256541943|gb|CM000151.3|) obtenim un hit amb un E-value de 1x10-22 que s'alinea des del residu 115 al 380. Així doncs, en cap dels dos casos ens alinea la selenocisteïna.
Pel contig gi|93569092|gb|CM000152.2|, Exonerate alinea des del residu 83 fins al 232 i ens prediu un gen amb un intró. Pel contig gi|256541943|gb|CM000151.3|, alinea des del residu 115 al 232 i només prediu un exó. Cal destacar que en ambdós casos prediu el final del segon exó a la posició 232 de la query, com en el genoma anterior. D'altra banda, tampoc ens alinea la selenocisteïna.
El resultat del Genewise per al hit en el contig gi|256541943|gb|CM000151.3| és millor que el predit amb Exonerate ja que alinea una regió més extensa (del residu 115 al 434 de la query) i prediu un gen amb un intró. Així doncs, hem continuat l'anàlisi amb la proteïna predita per Genewise. L'alineament amb Tcoffee, dóna un score de 87. Tot i que alinea una àmplia regió, aquesta no conté la selenocisteïna.
L'alineament amb Tcoffee del primer hit en el contig gi|93569092|gb|CM000152.2| dóna un score de 91, el qual és força bo, però hem de tenir en compte que està alineant només una petita regió de la proteïna i que no alinea la selenocisteïna.
El BLASTp contra la base de dades de l'NCBI ens retorna, amb un E-value de <10-200 i una identitat del 100%, la CDP-alcohol fosfatidiltransferasa de D.discoideum_AX4. Així doncs, la proteïna que hem predit segurament es tracta de CDP-fosfatidiltransferasa.