Les selenoproteïnes
en Scleropages formosus

• INTRODUCCIÓ
  • Objectius del projecte
  • Selenoproteïnes
  • Scleropages formosus
• MATERIALS I MÈTODES
  • Obtenció de seqüéncies
  • Comparació de genomes
  • Obtenció de les regions d'interès
  • Obtenció del cDNA
  • Alineament de seqüències
  • Comprovació
• RESULTATS
  • Selenoproteïnes
  • Proteïnes maquinària
• DISCUSIÓ
• CONCLUSIONS
• REFERÈNCIES
• AGRAÏMENTS

En aquesta taula es poden consultar els resultats que hem obtingut, tant de l'anàlisi global com de les específics de cada anàlisi clicant en els símbol de les respectives caselles.

Espècie
	Danio rerio		Homo sapiens
Obtenció de resultats
	Si		No
Element SECIS en:
	Proteïna descrita	*	Proteïna no descrita

Selenoproteïnes

Proteïna	Espècie	BLAST	Exonerate	Genewise	Contig	Loc. gen	N. exons Info	T-Coffee	Seblastian
15 kDa selenoprotein
Sel15					JARO01014144.1	4339-13922 (-)	5
15 kDa selenoprotein-like protein
Fep15					JARO01011017.1	5468-6785 (+)	4
Glutathione peroxidase
GPx1a					JARO01007473.1	31585-32297 (-)	2
GPx1b					JARO01004353.1	8263-10318 (-)	2
GPx2					JARO01004340.1	8734-9826 (-)	2
GPx3a					JARO01010169.1	6675-9448 (-)	4
GPx3b					JARO01001523.1	12789-14544 (+)	4
GPx4a					JARO01010167.1	48539-50746 (-)	5
					JARO01002300.1	3503-3581 (-)	5
GPx4b					JARO01010167.1	48539-51055 (-)	6
					JARO01002300.1	1455-3980 (-)	6
GPx7					JARO01003584.1	487-5276 (+)	3
					JJARO01003584.1	532-5276 (+)	3
GPx8					JARO01002658.1	16555-18010 (+)	3		*
					JARO01003584.1	532-5276 (+)	3		*
Iodothyronine deiodinases
DI1					--	--	--
DI2					JARO01002105.1	8248-10860 (-)	2
DI3a					--	--	--
DI3b					JARO01012711.1	26136-26931 (-)	3
Methionine sulfoxide reductase A
MsrA 1					JARO01016003.1	23926-29338 (+)	3
					JARO01011081.1	2817- 11538 (+)	5
					JARO01015498.1	16879-17049 (-)	1
MsrA 2					JARO01016003.1	23920-29338 (+)	3
					JARO01011081.1	2817-11528 (+)	5
					JARO01015498.1	16882-17049 (-)	1
Selenoprotein H
SelH					JARO01002064.1	23067-24531 (+)	3
Selenoprotein I
SelI					JARO01001505.1	46092-59082(+)	10
Selenoprotein J
SelJ					JARO01004202.1	12218-16003 (-)	9
Selenoprotein K
SelK					JARO01006671.1	32786-34085(+)	4		*
Selenoprotein L
SelL					JARO01002042.1	47263-49170 (+)	4
Selenoprotein M
SelM					JARO01003203.1	49563-51669 (-)	4
Selenoprotein N
SelN					JARO01007492.1	45635-50369 (-)	11
Selenoprotein O
SelO					JARO01001646.1	10185-16908 (-)	9
					JARO01001490.1	44015-50762 (+)	5
SelO2					JARO01001646.1	10194-16968 (-)	9
					JARO01001490.1	43593- 50741 (+)	5
Selenoprotein P
SelP A					JARO01001739.1	2486-5525 (-)	3
SelP B					JARO01000244.1	51152-52102 (-)	2
Selenoprotein R
SelR1a					JARO01016450.1	339-4679 (-)	2
					JARO01016211.1	708-2972 (+)	2
					JARO01015170.1	661-777 (+)	1
SelR1b					JARO01016450.1	354-4679 (-)	2
					JARO01016211.1	714-2972 (+)	2
					JARO01015170.1	661-777 (+)	1
SelR2					JARO01017629.1	2176-5303 (+)	4
SelR3					JARO01008501.1	13311-14554 (+)	5
Selenoprotein S
SelS					JARO01000657.1	49190-51094 (-)	8
Selenoprotein T
SelT1a					JARO01003865.1	30816-33822 (-)	5
SelT1b					JARO01003865.1	30762-33828 (-)	5
SelT2					JARO01004384.1	49147-53863 (-)	6
Selenoprotein U
SelU1a					JARO01014129.1	1745-3115 (-)	5
					JARO01005685.1	46401-50086 (+)	5
SelU1b					JARO01014129.1	1745-3115 (-)	5
					JARO01005685.1	46401-50086 (+)	5
SelU1c					JARO01014129.1	1745-3115 (-)	5
					JARO01005685.1	46401-50086 (+)	5
SelU1d					JARO01014129.1	1745-3115 (-)	5
					JARO01005685.1	46401-50086 (+)	5
SelU2					JARO01000007.1	46815-49616 (+)	5
SelU3a					JARO01002097.1	5000-51461 (+)	4		*
SelU3b					JARO01002097.1	5000-51461 (+)	4		*
Selenoprotein W
SelW1					JARO01014228.1	818-1118 (+)	2		*
SelW2a					JARO01032691.1	182-280 (+)	1
SelW2b					JARO01016227.1	1766-2765 (+)	3		*
Selenoprotein TR
TR1					JARO01000300.1	41998-47880 (+)	13
TR2					JARO01032037.1	27-161 (-)	1
TR3					JARO01000985.1	13233-21653 (-)	16

Maquinària

Proteïna	Espècie	BLAST	Exonerate	Genewise	Contig	Loc. gen	N. exons	T-Coffee	Seblastian
Eukaryotic elongation factor
eEFsec					JARO01032098.1	40 – 324 (+)	1
Phosphoseryl-tRNA kinase
PSTK					JARO01008322.1	13315 – 14569 (-)	3
SECIS binding protein 2
SBP2-A					JARO01002402.1	6095 – 10281 (+)	7
SBP2-B					JARO01003402.1	6095 – 10281 (+)	7
					JARO01024844.1	195 - 1118 (+)	2
					JARO01007998.1	844-2577 (-)	3
					JARO01003661.1	29381- 33258 (-)	7
Selenocysteine synthase
SecS					JARO01001093.1	26863 – 35432 (-)	11
Selenophosphate synthesase
SPS1					JARO01000075.1	38265- 40679 (-)	8
					JARO01010221.1	9462 – 12244 (+)	8		*
SPS2					JARO01001560.1	36615- 41013 (-)	8
tRNA Sec 1 associated protein 1
SECp43 A					JARO01016396.1	2604- 5298 (-)	4
SECp43 B					JARO01006510.1	4510 – 11836 (+)	9		*