Recerca de selenoproteïnes en protistes:
SelW,MsrA
Carlevaro J.; Casas A.; Eraso A.; Farrés A.; Gamallo B.
Resultats de les selenoproteïnes SelW i MsrA
| A.laibachi | - | Homòleg amb cisteïna |
| C.fasciculata | - | Homòleg amb cisteïna |
| A.rara | - | - |
| D.discoideum | - | Homòleg amb cisteïna |
| D.fasciculatum | - | Homòleg amb cisteïna |
| F.cylindrus | - | Selenoproteïna |
| G.niphandrodes | - | Homòleg amb cisteïna |
| I.multifilis | Selenoproteïna | Homòleg amb cisteïna |
| L.donovani | - | Homòleg amb cisteïna |
| L.tarentolae | - | Homòleg amb cisteïna |
| P.capsici | Homòleg amb cisteïna | Homòleg amb cisteïna |
| P.polycephalum | - | Homòleg amb cisteïna |
| S.arctica | - | Homòleg amb cisteïna |
| T.congolense | - | Homòleg amb cisteïna |
Tornar a dalt »
Resultats de la maquinària
A la taula es mostra aquelles proteïnes que hem considerat que es troben en els genomes i les que no. Per l'anàlisi, altra vegada en més d'un cas disposàvem de més d'una query per a una família de proteïnes. En general, però, les queries presentaven alta similitud entre elles i, tot i que les hem analitzat totes elles, hem simplificat els resultats i a la taula només apareix el resultat de l'anàlisi més informatiu en cada cas. Per aquelles proteïnes que els resultats del blast no donen hits significatius hem conclòs que no es troben presents en el genoma estudiat. Aquells casos en què apareixen hits significatius en el blast però que acabem deduint que la maquinària no s'hi troba és perquè o bé no hem obtingut resultats a l'exonerate, o bé, els resultats del T-COFFEE no eren suficientment bons com per afirmar la seva presència. D'altra banda, les proteïnes que hem considerat que amb molt alta probabilitat es troben en el genoma i per tant apareixen com a positives a la taula són les que d'entrada donaven hits significatius en el blast i posteriorment, avançant en el procés, els resultats també han estat bons. Així, les proteïnes positives són aquelles per a les que el T-COFFEE fet a partir dels resultats de l'exonerate o del Genewise ens han semblat prou bons com per pensar que la seqüència d'aquella proteïna es troba present en el genoma estudiat.
Per veure tots aquests resultats, podeu clicar a sobre la casella corresponent de la taula.
| A.laibachi |  |
|
 |
|
|
|
|
| C.fasciculata | |
|
|
|
|
|
|
| A.rara | |
|
|
|
|
|
|
| D.discoideum | |
|
|
|
|
|
|
| D.fasciculatum | |
|
|
|
|
|
|
| F.cylindrus | |
|
|
|
|
|
|
| G.niphandrodes | |
|
|
|
|
|
|
| I.multifiliis | |
|
|
|
|
|
|
| L.donovani | |
|
|
|
|
|
|
| L.tarentolae | |
|
|
|
|
|
|
| P.capsici | |
|
|
|
|
|
|
| P.polycephalum | |
|
|
|
|
|
|
| S.arctica | |
|
|
|
|
|
|
| T.congolense | |
|
|
|
|
|
|
Tornar a dalt »
Si observem els resultats veiem que totes les famílies de proteïnes de maquinària estan presents en un o altre organisme.
D'entrada, esperaríem que per aquells organismes que presenten selenoproteïnes es trobessin totes les proteïnes de maquinària, i per els genomes que no en presentessin no se n'observés. No obstant, els nostres resultats no mostren aquestes diferències tant pronunciades. Sí que veiem, però, que per alguns organismes quasi bé no trobem maquinària o no en trobem, com són A. rara, A. laibachii, G. niphandrodes, P. polycephalum i T.congolense. Això ens fa pensar que molt probablement en aquests organismes no es trobi cap selenoproteïna, ja que si les nostres prediccions han estat correctes, en aquests genomes no es disposaria de la maquinària necessària per a la seva síntesi. Això concorda amb els resultats obtinguts en els nostres anàlisis, ja que nosaltres no hem pogut trobar cap selenoproteïna en aquests genomes. Aquests genomes en què hem trobat només alguna proteïna de maquinària però no la majoria, pot ser que presentin aquests resultats perquè els seus ancestres sí presentaven selenoproteïnes i encara conservin aquesta seqüència de la maquinària trobada prou conservada com per detectar-la com homòloga.
Hi ha altres genomes que, per contra, presenten totes o moltes de les proteïnes necessàries per a sintetitzar selenoproteïnes. Això ens fa pensar que és possible que hi hagi selenoproteïnes en aquests genomes. Concordant i corroborant els nostres resultats, en el genoma de F. cylindrus (un dels dos organismes on nosaltres hem vist selenoproteïnes) hem trobat tota la maquinària. Aquest resultat és una dada més que ens ajuda a recolzar la nostra troballa.
Els altres genomes que presenten la majoria però no tota la maquinària, com ara D. discoideum, D. fasciculatum, L. donovani, S.arctica i I. multifiliis ens plantegen un ventall més ampli d'hipòtesis. Per una banda, creiem que és possible que aquests genomes tinguin selenoproteïnes també, tot i que no apareguin algunes de les famílies en els resultats. Una de les nostres prediccions era que I. multifilis té selenoproteïnes, i no hi observem tota la maquinària. Per això, per tal de tenir més dades per entendre els resultats hem consultat altres grups que estudiaven altres famílies de selenoproteïnes i hem vist que aquests fet es dóna en altres casos. Això ens fa pensar que potser es deu a què els nostres anàlisis no han estat prou exhaustius com per cercar tota la maquinària dels genomes per algun motiu com ara que les queries que comparàvem potser no estaven prou relacionades filogenèticament com per donar nivells de similitud que ens féssin pensar en un cas d'homologia.
Una altra hipòtesis, és que potser no ho observem perquè realment aquests genomes poden tenir selenoproteïnes i no presentar tota la maquinària que hem analitzat. Podria ser que algunes de les proteïnes requerides es presentessin de forma redundant en algun genoma, i la seva "no presència" no es veiés afectada, així com algun cas en què la falta d'una proteïna hagués estat suplida per la presència d'alguna altra.
Tornar a dalt »