Analitzant el genoma de
Dictyostelium discoideum AX4 mitjançant un tBLASTn
(veure blast) amb la query d'
Homo sapiens obteníem un únic hit d'un e-value molt baix (6e-32) i, per tant, estadísticament significatiu. Tant amb el tBLASTn com amb l'Exonerate i el GeneWise se'ns ha alineat la cisteïna de la query amb una cisteïna de la seqüència genòmica de
D. discoideum. Els alineaments amb Exonerate
(veure) i GeneWise
(veure) prediuen exactament la mateixa proteïna, i, tot i que donen una proteïna més curta que la query, tenen scores molt bons. Amb el T-COFFEE
(veure) observem també com la proteïna que ens prediu tant l'Exonerate com el GeneWise és més curta que la query, però té un alt % de similitud. Així doncs, veiem que ens trobem davant un possible homòleg de la nostra selenoproteïna MsrA però amb Cys enlloc de SelenoCys.
Per tal d'intentar corroborar la nostra hipòtesi, hem fet un BLASTp amb la proteïna predita, que és la següent:
>gi|256541943|gb|CM000151.3|:subseq(6993145,30000) Dictyostelium discoideum AX4 chromosome 2, whole genome shotgun sequence:
ATFAAGCFWSVELLFQRVAGVTKTRVGYTNGTVENPTYRQVCSGKTGCAEAVELEYDPEKVTYNQLLGLFWSKHD
PTTLNRQGNDVGTQYRSGIYYHNEEQKNEAIASKEKEQLKYKDPISTEILPAGVFYPAETEHQQYL
Amb el BLASTp
(veure blastp) obtenim un hit que té un 100% d'identitat amb la nostra proteïna predita. Aquest hit pertany a
"Hipotethical protein" D. discoideum AX4 , similar a MsrA, i descrita a
Nature al 2002.
Hem observat que aquesta proteïna predita pel BLASTp té 3 aminoàcids més a l'inici i 4 aminoàcids més al final que la predita per nosaltres amb el GeneWise i l'Exonerate, veient doncs, que aquests programes no són del tot exactes. Tot i aquests 7 aminoàcids de menys, podem afirmar que hem trobat un homòleg amb Cys de la nostra selenoproteïna en
D. discoideum AX4.