Recerca de selenoproteïnes en protistes:
SelW,MrsA
Carlevaro J.; Casas A.; Eraso A.; Farrés A.; Gamallo B.
Resum
Les selenoproteïnes són proteïnes que incorporen selenocisteïna (SeC), un aminoàcid que conté un àtom de Seleni. Aquest aminoàcid està codificat per UGA, un codó que normalment indica un STOP en la transcripció, per tant, la predicció d'aquestes proteïnes normalment no és bona. La transcripció d'aquest codó es fa mitjançant una estructura tridimensional en l'extrem 3' no traduït (UTR) dels gens de les selenoproteïnes, el SElenoCystein Insertion Sequence (SECIS Element). L'estudi de selenoproteïnes permet caracteritzar els genomes i s'utilitza, entre d'altres, per veure la proximitat filogenètica entre diferents organismes.
El nostre estudi es basa en la identificació de dues selenoproteïnes, SelW i MsrA, proteïnes involucrades en la regulació de l'estrès oxidatiu, en genomes de protistes que ja han estat seqüenciats. Per a la realització del treball s'han obtingut seqüències d'aquestes famílies de proteïnes a partir de la base de dades SelenoDB i s'han buscat hits candidats a presentar selenoproteïnes en els genomes d'estudi mitjançant eïnes bioinformàtiques com tBLASTn, Exonerate, GeneWise i TCoffee. A més, s'han analitzat les seqüències que codifiquen els elements SECIS i les proteïnes que formen part de la maquinària de síntesi i incorporació de selenocisteïna.
Els resultats que hem obtingut indiquen que existeix la presència de selenorpoteïnes en dos dels organismes de protistes estudiats: SelW en I.multifiliis i MsrA en F.cylindrus. També s'han trobat proteïnes homòlogues amb cisteïna de MsrA en tots els organismes excepte en A.rara. Per contra, només en l'organisme P.capsici s'ha trobat un homòleg de SelW.
El nostre estudi es basa en la identificació de dues selenoproteïnes, SelW i MsrA, proteïnes involucrades en la regulació de l'estrès oxidatiu, en genomes de protistes que ja han estat seqüenciats. Per a la realització del treball s'han obtingut seqüències d'aquestes famílies de proteïnes a partir de la base de dades SelenoDB i s'han buscat hits candidats a presentar selenoproteïnes en els genomes d'estudi mitjançant eïnes bioinformàtiques com tBLASTn, Exonerate, GeneWise i TCoffee. A més, s'han analitzat les seqüències que codifiquen els elements SECIS i les proteïnes que formen part de la maquinària de síntesi i incorporació de selenocisteïna.
Els resultats que hem obtingut indiquen que existeix la presència de selenorpoteïnes en dos dels organismes de protistes estudiats: SelW en I.multifiliis i MsrA en F.cylindrus. També s'han trobat proteïnes homòlogues amb cisteïna de MsrA en tots els organismes excepte en A.rara. Per contra, només en l'organisme P.capsici s'ha trobat un homòleg de SelW.
Tornar a dalt »
Abstract
Selenoproteins are proteins which incorporate selenocistein (Sec), an aminoacid that contains a Selenium atom. This aminoacid is coded by UGA, a codon that usually indicates a STOP that signals a termination of translation, this is why the prediction of those proteins is not always good. The recodification of the UGA codon is caused by a three-dimensional structure located at the 3’ ending non translated (UTR) of the selenoproteins genes, the SElenoCystein Insertion Sequence (SECIS Element). The study of selenoproteins allows us to characterize genomes and it is used to check the filogenetic distance between different organisms.
Our study is based on the identification of two selenoproteins, SelW and MsrA, proteins involved in regulation of oxidative stress among other functions, in protist genomes that have already been sequenced. In this study the sequences were obtain from SelenoDB and different candidate Hits were found by Bioinformatics tools such as tBLASTn, Exonerate, GeneWise and Tcofee. Furthermore, SECIS elements and proteins that are involved in syntesis and incorporation of selenocistein were also analized.
The results that we obtained conclude that a selenoprotein of each family was found in two different organisms: SelW was found in I.multifilis and MsrA in F.cylindrus. In addition, homologous protein with cysteine of MsrA were found in all protists except in A.rara. In contrast, only in P.capsici has been found an homologous of SelW.
Our study is based on the identification of two selenoproteins, SelW and MsrA, proteins involved in regulation of oxidative stress among other functions, in protist genomes that have already been sequenced. In this study the sequences were obtain from SelenoDB and different candidate Hits were found by Bioinformatics tools such as tBLASTn, Exonerate, GeneWise and Tcofee. Furthermore, SECIS elements and proteins that are involved in syntesis and incorporation of selenocistein were also analized.
The results that we obtained conclude that a selenoprotein of each family was found in two different organisms: SelW was found in I.multifilis and MsrA in F.cylindrus. In addition, homologous protein with cysteine of MsrA were found in all protists except in A.rara. In contrast, only in P.capsici has been found an homologous of SelW.
Tornar a dalt »
