Gràcies a tot aquest seguit d'anàlisis que hem anat realitzant, hem estat capaços de predir seqüències de selenoproteïnes de les nostres famílies d'estudi (SelW i MrsA) i tot un conjunt de seqüències homòlogues d'aquestes en molts dels genomes estudiats. Tantmateix, els resultats també ens han permès descartar amb certa seguretat la possible presència d'aquestes selenoproteïnes en certs genomes.
Estudiant la família MsrA hem observat resultats que apunten a què aquesta proteïna només es trobaria present com a selenoproteïna en un dels genomes analitzats, F. cylindrus, en el qual observem dues possibles seqüències en regions diferents. Hem arribat a aquesta conclusió, ja que després d'uns anàlisis exhaustius, els resultats de l'alineament de l'Exonerate i el TCOFFE de l'Exonerate corresponents han estat suficientment bons. A més, tenint en compte una valoració més global, amb els anàlisis dels elements SECIS i de la maquinària hem pogut corroborar aquesta hipòtesi.
Pel que fa als elements SECIS, necessaris en la estructura de les selenoproteïnes, hem trobat mitjançant un programa, que en ambdós casos apareix un element SECIS ubicat en l'extrem 3' de la proteïna i a una distància relativa a priori adequada per a què l'element SECIS pogués estar fent la seva funció. Val a dir, però, que aquests elements SECIS han estat obtinguts sota patrons poc precisos i amb puntuacions baixes pel que fa a fiabilitat. És a dir, el programa amb el qual hem fet la cerca pot ser que ens estigui donant falsos positius, i en som conscients, però tenint en compte el global de les nostres dades creiem que també es podria tractar dels elements SECIS pertinents. A més, a l'hora de buscar els elements SECIS hem decidit acceptar el mateix patró per a tots els casos, i no baixar el nivell de consideració estricte només per els casos de selenoproteïnes, sinó per a tots els casos d'homologies.
Una altra dada rellevant que fa que en el seu conjunt acabem concloent que F. cylindrus conté selenoproteïnes és el fet que aquest genoma és l'únic en el que hem trobat totes les seqüències de la maquinaria necessàries per a la seva síntesi i incorporació.
De la família de MsrA no només hem trobat selenoproteïnes, sinó que també hem trobat seqüències homòlogues amb cisteïna en lloc de selenocisteïna en tots els organismes, inclòs F. cylindrus, i excepte A.rara. Aquests resultats no ens estranyen, ja que sabem que aquesta proteïna, implicada en la reducció de la sulfòxid S-metionina existeix en la majoria d'organismes vius, fins i tot en bacteris, tot i que s'ha vist que les homòlogues en cisteïna presenten menor activitat.
Pel que fa a la família SelW hem vist que per el genoma del protist I. multifiliis podem predir tres selenoproteïnes, conclusió que extraiem també a partir d'uns bons resultats en l'alineament de l'Exonerate i del seu TCOFFEE, així com per un bon alinemanet mitjançant el programa GeneWise i el seu TCOFFEE que en recolzen els resultats. De la mateixa manera que en el cas anterior, hem observat elements SECIS que sembla que podrien ser els corresponents a les proteïnes, però ens trobem davant de la mateixa situació que en la família de MsrA, en què aquests resultats no es poden prendre com a concloents degut a problemes amb la sensibilitat de l'anàlisi. Per a I. multifiliis, no veiem resultats tant obvis en quan a la maquinària com en la família anterior, però tal i com s'ha discutit en l'apartat de resultats, que no presenti maquinària de tots els tipus tampoc ens porta a refutar la nostra troballa, ja que amb anàlisis més exhaustius i amb dades d'altres famílies o queries potser els resultats canviarien o es podria explicar per alguna raó.
Per aquesta família, a diferència de MsrA, no trobem gairebé homòlegs en cisteïna per altres genomes. Això, ens fa pensar que és possible que es tracti d'una proteïna molt conservada, que la presència de selenocitesïna sigui crucial, o bé que la seva funció sigui molt específica i estigui reduïda a certs organismes.
A totes aquestes conclusions hem pogut arribar a partir d'un anàlisi molt detallat dels resultats, analitzant en cada pas del procés els resultats obtinguts. En aquest punt, ens ha estat molt útil tenir el programa automatitzat, ja que un cop realitzada la programació vam poder obtenir tots els resultats de cop i classificats, sent la informació molt accessible i disponible. Així, encara que el procés d'automatització ens va treure molt de temps, ens ha ajudat molt, ja que creiem que és al llarg de valorar molts resultats quan ens hem pogut fer una idea més global i adquirir millor criteri per a jutjar la informació obtinguda.
En quant a les eines utilitzades en aquest treball, ens ha estat molt útil treballar en tot moment amb dos tipus de programes (Exonerate i GeneWise) utilitzats per a la mateixa finalitat, anotar gens en genomes, però que es complementen en la informació proporcionada. Hem vist que en molts casos el programa Exonerate ens dóna informació sobre alineaments de forma que ens és més fàcil trobar com s'alinea la nostra selenocisteïna, però per contra el GeneWise ens ajuda a predir proteïnes de forma més global, ja que fa alineaments més extensos i no perdem tanta informació. Per aquestes diferències entre programes, hem valorat ambdós resultats en cada cas i ens hem pogut ajudar d'aquesta avantatge.
Una altra eina que ens ha estat molt útil ha estat la consulta en base de dades de l'NCBI, sobretot l'us del blastp. Hem fet us d'aquesta base de dades per a contrastar en molts casos la nostra proteïna predita amb la informació que es troba en aquesta web sobre les seqüències proteiques ja seqüenciades i així valorar el resultat de la nostra predicció. Amb el BLASTp, doncs, hem vist com de similar era la nostra proteïna a altres proteïnes i hem extret altres informacions rellevants, sempre considerant que aquesta font d'informació ens ajudaria a acotar les nostres conclusions ja que segurament els mètodes que apliquem nosaltres no són tan acurats.
Tornar a dalt »