La cerca de MsrA, mitjançant una query d'
Homo sapiens, en
A. laibachii Nc14 ens reporta 5 hits amb el tBLASTn
(veure tblastn), dels quals únicament un és estadísticament significatiu (e-value 7e-35).
La cisteïna (C) de la nostra query d'humà, que correspon a un homòleg amb cisteïna de MsrA, s'alinea amb la cisteïna (C) de l'organisme (codó TGC). D'aquesta manera podríem pensar que aquest hit correspondria a un homòleg amb cisteïna de MsrA.
Els resultats amb l'Exonerate
(veure Exonerate) ens donen una proteïna més curta que la query, i també lleugerament més curta que el resultat del GeneWise
(veure genewise).
Tot i que totes dues proteïnes predites per Exonerate i GeneWise alineen amb la query a partir del mateix aminoàcid, la proteïna predita pel GeneWise s'alinea també amb la regió final de la query (amb un score lleugerament més baix derivat d'alinear una regió poc homòloga que es situa just davant del fragment que no s'alinea amb l'Exonerate)
(veure T-COFFEE resultat Exonerate) (veure T-COFFEE resultat genewise).
Tot i que tots els scores són prou bons com per hipotetitzar que existeix un homòleg de MsrA amb cisteïna en aquest organisme, fem un blast contra la base de dades de seqüències proteiques no redundants d'NCBI (BLASTp) tant per la proteïna predita amb l'Exonerate com per la predita pel GeneWise. Observem que en ambdós casos obtenim un alineament del 100% d'identitat amb una seqüència de
A. laibachii Nc14 anomenada
"unnamed protein product". Tot i així, ens quedem amb el resultat obtingut per la proteïna predita per GeneWise (BLASTp prot GeneWise)
(veure BLASTp) ja que segueix alineant alguns aminoàcids més al final amb el 100% d'identitat.
Buscant més informació sobre aquesta seqüencia "unnamed protein product", veiem que ha estat descrita al juliol del 2011 en un article a PLoS Biology, com una possible "Peptide methionine sulfoxide reductase". Aquest fet només fa que confirmar la nostra hipòtesi sobre aquesta proteïna predita en A.laibachii.
Tornar a dalt »