En el genoma de
T. congolense obtenim únicament un hit estadísticament significatiu (e-value 2e-24) al fer el tBLASTn
(veure) amb la query que correspon a
Homo sapiens. A l'alineament veiem que la cisteïna (X) de la query es troba alineada amb una cisteïna (C) del protista.
Tant l'Exonerate
(veure) com el GeneWise
(veure) ens alineen també la cisteïna amb una cisteïna, i comencen els seus alineaments a partir de la mateixa posició aminoacídica; tot i així, prediuen dues proteïnes de llargades diferents. Altra cop el GeneWise ens reporta una proteïna de major llargada que l'Exonerate, el qual deixa d'alinear al trobar-se amb una regió de 6 gaps. El GeneWise continua alineant i ens reporta una proteïna més llarga, ja que tot i tenir aquests 6 gaps després troba una regió amb molta similaritat. Podem veure aquest fet detalladament al comparar el T-COFFEE realitzat amb la proteïna predita amb el GeneWise
(veure) amb el realitzat amb la proteïna predita amb l'Exonerate
(veure).
És pel motiu anterior que decidim córrer el BLASTp
(veure) a partir de la proteïna predita pel GeneWise. El resultat és un hit amb un 100% d'identitat que correspon a
"putative methionine-S-sulfoxide reductase [Trypanosoma congolense IL3000]". D'aquesta manera podem pensar que es tracta d'un homòleg amb cisteïna de MsrA en
T. congolense. Finalment, tornar a puntualitzar que a la proteïna predita pel GeneWise li manquen alguns aminoàcids respecte la proteïna real que ens indica el BLASTp, probablement degut a errors causats pels programes que hem utilitzat durant l'anàlisi o a la diferència entre les queries utilitzades i aquesta proteïna.
Tornar a dalt »