Recerca de selenoproteïnes en protistes:
SelW,MrsA

    En el genoma de D. fasciculatum, el tBLASTn (veure) amb la query Saccharomyces cerevisiae (homòleg amb cisteïna de MsrA) ens ha reportat tres hits dels quals tenim un únic hit amb un e-value estadísticament significatiu (e-value 4e-26). En aquest hit veiem que s'alinea la cisteïna (X) de la query amb una cisteïna (C) de la seqüència de l'organisme.

    Al seguir l'anàlisi amb l'Exonerate (veure) veiem que la cisteïna de la query no queda alineada, l'alineament comença a l'aminoàcid 63, mentre que la cisteïna es troba a la posició 25. El GeneWise (veure), en canvi, ens dóna un alineament amb un bon score que inclou alineament entre la cisteïna de la query i una cisteïna de la seqüència genòmica de D. fasciculatum. És per aquesta raó que hem decidit utilitzar la proteïna predita pel GeneWise per córrer el BLASTp (veure resultat). El resultat obtingut ens ha sorprès, ja que el millor hit (100% d'identitat) correspon a la seqüència de la GTPasa Ras d'aquest organisme. No teníem constància que les GTPases Ras tinguessin dominis PMSR (Peptide Methionine Sulfoxide Reductase), de manera que hem decidit fer un BLASTp amb la seqüència d'aquesta Ras (veure resultat).

    Els resultats d'aquest BLASTp poden veure's a la imatge, on el primer domini correspon a un domini comú a proteïnes Ras de molts altres organismes i el segon és homòleg a altres proteïnes PMSR. Veiem que D. fasciculatum és l'únic que apareix contenint els dos dominis junts com a GTPasa, i, per tant, contenint a la GTPasa el domini PMSR amb la cisteïna. No podem saber si la GTPasa és funcional o no, ni si el domini PMSR present en aquesta té també una funció concreta; tot i així, degut al fet que altres organismes propers tenen les dues proteïnes però de manera separada (com ara D. discoideum) i D. fasciculatum és l'únic que hem vist que conté els dos dominis dins la mateixa proteïna, creiem que és possible que aquest domini sigui un homòleg a la nostra proteïna, inclòs dins d'una GTPasa. Per tant, estaríem parlant d'un homòleg amb cisteïna de la selenoproteïna MsrA.

    D'altra banda, creiem oportú fer un estudi per tal d'averiguar quina és la funció exacte d'aquesta proteïna i saber si el domini PMSR li aporta alguna particularitat.