L'anàlisi amb tBLASTn
(veure) en
Leishmania tarentolae i la query corresponent a l'homòleg amb Cys d'
Homo sapiens ens reporta un total de 12 hits dels quals només hi trobem un estadísticament significatiu (e-value 4e-25). La Cys (X) de la query s'alinea també amb una Cys de la seqüència genòmica del protista.
Al analitzar el resultat amb l'Exonerate
(veure Exonerate) i el GeneWise
(veure GeneWise) observem que totes dues proteïnes predites comencen alineant amb l'aminoàcid 68 de la query, fet que s'ha donat repetides vegades amb altres organismes analitzats amb aquesta mateixa query de humà. Ambdós programes alineen fins la mateixa posició aminoacídica de la query, però observem que amb l'Exonerate ens divideix la seqüència proteica en dos, mentre que el GeneWise reporta la seqüència tota junta. Per a poder entendre aquests resultats, vam analitzar detingudament els resultats del GeneWise fins a adonar-nos que hi ha una regió de 7 aminoàcids de l'organisme que no són presents a la query. Just en aquest punt és on l'Exonerate decideix interrompre l'alineament i reportar dues seqüències aminoacídiques diferents.
Pensem que aquests aminoàcids de més de la seqüència d'aquest organisme respecte la query, podrien ser causa tant d'una inserció en aquest protista com d'una deleció en la seqüència de la query, en aquest cas, d'humà. Així doncs, seguirem l'anàlisi amb la seqüència de la proteïna predita per GeneWise que ens agafa les dues parts i que és la següent:
>Lt_contig429.pep
ATFAAGCYWGTEHFFLRKFKDGIVSHQVGFMGGAEERTITYAEVKNGNSGHAEVLDLMYD
PDKVTYKDLLSFFFRMHNSTTLNRQEGDVGTNYRSAIFYYSDEQKKEADDYIAKLNGADE
KLHSAFSKAFGGNPCITSVEKGSQFYPAHEEHQNYLDKNPNGYC
Realitzem un BLASTp
(veure blastp) amb aquesta proteïna predita i obtenim 5 hits molt bons corresponents a proteïnes
“methionine sulfoxide reductase-like” de protistes de la mateixa família:
Leishmania donovani,
Leishmania infantum,
Leishmania braziliensis,
Leishmania mexicanis i
Leishmania major strain Friedlin. Aquest resultat corrobora la nostra sospita podent dir que el més possible és que es tracti d'una proteïna homòloga amb cisteïna de la nostra selenoproteïna en aquest organisme. Tot i així, cal recordar el fet que les cinc proteïnes dels organismes Leishmania tenen aquests 7 aa de més, que únicament amb les nostres eines i amb aquestes queries no hem pogut acabar de resoldre.