En fer el tBLASTn amb l'homòleg en cisteïna de MsrA en Homo sapiens amb el genoma de L. donovani hem obtingut un total de 10 hits, dels quals només un és estadísticament significatiu (amb un e-value de 6e-24). La cisteïna de la query (X) s'ha alineat també amb una cisteïna del genoma pel que sospitem que pot tractar-se d'un homòleg amb cisteïna de MsrA.
Executem l'Exonerate i el GeneWise per tal de predir la proteïna d'aquesta regió i obtenim dues proteïnes diferents per cadascun dels programes. La proteïna predita pel GeneWise
(veure) és més llarga que la predita per l'Exonerate
(veure), com ens ha passat moltes altres vegades.
La proteïna predita pel GeneWise té la seqüència següent:
>contig_07:subseq(574598,30000).pep
ATFAAGCYWGTEHFFVRNFKDSIVSHQVGFMGGVEGKAVTYSEVTKGTTGHAEVLDLMYD
PEKVSYKDLLSFFFRMHNSTTLNRQAGDIGTNYRSAIFYHNEEQKKEAEAYIAKLNGADE
KLHSSFSKAFGGAPCITSLEKAGTFYPAHEGHQNYLEKHPNGYC
En canvi, la proteïna predita per l'Exonerate té la seqüència següent:
>contig_07:subseq(574598,30000) [translate(1)]
ATFAAGCYWGTEHFFVRNFKDSIVSHQVGFMGGVEGKAVTYSEVTKGTTGHAEVLDLMYDPEKVSYKDLL
SFFFRMHNSTTLNRQAGDIGTNYRSAIFYHNEEQKKEA
Per veure més detalladament les diferències, correm el T-COFFEE per les dues proteïnes predites i veiem que en el cas del GeneWise
(T-COFFEE predicció GeneWise), tot i obtenir un alineament amb un score més baix que amb l'Exonerate
(T-COFFEE predicció Exonerate), es produeix un alineament més llarg del qual veiem que la última part és bona i que no podem descartar. A més, hem anat veient al llarg del treball que el GeneWise prediu proteïnes més similars a les reals. És per això que decidim fer en primer lloc un BLASTp amb la proteïna predita per aquest programa.
Al analitzar el resultat del BLASTp
(veure blastp) veiem com, efectivament, obtenim un hit amb un 100% d'identitat corresponent a
“peptide methionine sulfoxide reductase-like [Leishmania donovani]”. Aquesta proteïna ha estat descrita al desembre del 2011 en un article a la revista
Genome Research i és gairebé idèntica a la proteïna que nosaltres hem obtingut; la diferència es troba en que altra vegada a la proteïna predita amb les nostres eines li manquen 7 aminoàcids inicials i 4 finals. Tot i aquesta petita diferència, podem afirmar que trobem un homòleg de MsrA amb cisteïna en aquest protista.