En la cerca de MsrA en
S. arctica, el tBLASTn
(veure) amb una query corresponent a un homòleg amb Cys en
Mus musculus ens reportava 7 hits estadísticament significatius, tots ells situats en el mateix contig.
Quan seguim analitzant amb el Genewise i l'Exonerate trobem, com podíem esperar, que tots els hits per separat ens donen la mateixa proteïna predita. La única diferència entre programes es troba en què amb l'Exonerate
(veure) obtenim un alineament de gairebé tota la query (de la posició 3 a la 227), mentre que obtenim una proteïna una mica més curta en el cas del GeneWise
(veure) (l'inici de l'alineament passa de la posició 3 a la 18). A més, curiosament, veiem que tots dos programes ens reportaven 3 introns enmig de l'alineament: un de 923pb, un de 459pb i un de 288pb. Tot i així, la correspondència de l'alineament de tots dos programes juntament amb els alts scores obtinguts per als alineaments, ens diuen que el més probable sigui que es tracti d'una proteïna homòloga a MsrA però amb Cys.
Podem visualitzar aquests resultats amb el T-COFFEE
(veure T-COFFEE GeneWise) (veure T-COFFEE Exonerate) realitzat per a les dues proteïnes predites pels programes, en els quals obtenim també un bon score per l'alineament. El score per l'Exonerate és una mica més baix degut a l'alineament que realitza de la primera part de la proteïna (regió que no conté un alineament tant bo).
Per a corroborar la nostra hipòtesi (possiblement existeixi un homòleg de MsrA en
S. arctica), fem un BLASTp
(veure) amb la proteïna predita. En aquest cas escollim la proteïna obtinguda amb l'Exonerate, ja que alinea 15 aminoàcids més que la predita pel Genewise. El resultat d'aquest programa ens dóna molts hits amb scores molt elevats (raw score > 200), tots ells homòlegs de
“peptide methionine sulfoxide reductase” (Msr).