En la cerca de SelW en
P. capsici, partíem d'un sol hit en blast no gaire bo i que, a més, només ens havia aparegut amb una query (Bos Taurus), on s'alineava la selenoproteïna de la query amb una cisteïna
(veure blast).
L'Exonerate no ens reportava cap resultat, però tot i així vam decidir analitzar el resultat del GeneWise. El GeneWise ens predia una proteïna més llarga que la de la query, amb un score no gaire alt, però on es conservaven alguns aminoàcids i sobretot es conservava el domini C-XX-C/U, en aquest cas, amb una cisteïna
(veure GeneWise). La proteïna predita per aquest programa vam alinear-la amb la query mitjançant el T-COFFEE, amb el que obteníem un bon score, però tenia més aminoàcids que no s'alineaven amb la query
(veure T-COFFEE). Vam córrer el blastp per intentar sortir de dubtes sobre si la proteïna predita (bastant diferent de la query), era realment homòloga de la selenoproteïna W.
El blastp va donar-nos la confirmació, ja que el millor hit, amb un e value de e-55 i un 95% d'identitat, corresponia a selenoprotein W-related family de
Phytophthora infestans, un organisme molt proper a
Phytophtora capsici. La proteïna predita s'alinea completament amb aquesta proteïna, tot i que aquesta és gairebé el doble de llarga
(veure blastp) .
Veient aquest resultat, creiem probable que si la proteïna que hem predit existeix, sigui bastant més llarga que la obtinguda a partir dels programes, ja que P. infestans i P.capsici són organismes molt propers evolutivament (i així ho demostra l'alt percentatge d'identitat obtingut entre les seqüències alineades) i seria molt estrany una diferència tan gran de llargada entre dues proteïnes teòricament homòlogues. A més, ja hem vist en altres situacions que les nostres proteïnes predites són més curtes que algunes proteïnes ja descrites i emmagatzemades a la base de dades de l'NCBI.
Per tant, com a conclusió dels nostres resultats, creiem que és probable que aquesta proteïna sigui una homòloga de SelW amb cisteïna en P.capsici.
Tornar a dalt »