A.anophagefferens
C.elegans.TR1
H.sapiens.TR1
H.sapiens.TR3
M.musculus.TR2
M.musculus.TR3
S.parasitica

*Nota: Proteïna fa referència al resultat del fastatranslate querys
**Nota: Clica als diferents protists per veure informació més detallada sobre les querys

Resultats positus
Resultats negatius

G.niphandrodes

En aquest cas hem fet l'Exonerate amb una sola regió del genoma, ja que en el BLAST només hem obtingut hits significatius que aliniin la U en aquesta regió (gi|338242564|gb|AFNH01001883.1|). Al analitzar-los veiem que les proteïes resultants que hem obtingut es troben a la mateixa regió i persenten una identitat molt alta quan fem el t-coffee entre elles, per tant, parlem de la mateixa proteïna. En fer el t-coffee amb les diferents querys en alguns casos la X de la query es troba enfront una glicina i, en d'altres, enfront una cisteïna. Si ens fixem bé en les proteïnes que ens ha generat l'exonerate veiem que els casos en els quals ens ha alineat la X amb una cisteïna la proteïna és un aminoàcid més curta que en les que ens ha alineat la X amb una glicina. És a dir, en uns casos la proteïna predita acaba amb GGCG i en els altres amb GGCGG, i com que el t-coffee alinea la X amb el que hi hagi a la penúltima posició ens dona diferents alineaments segons on s'acabi la proteïna.

Per assegurar-nos dels resultats i aclarir el dubte de les glicines i les cisteïnes fem un Genewise de les set querys contra la regió del genoma de G.niphandrodes, i en aquest cas totes les proteïnes predites (menys la predita a partir de la query de M.musculus.TR2) acaben amb GGCGG i en el t-coffee s'alinea la X de les querys amb una glicina, per tant en tots els casos estem parlant de la mateixa proteïna. Per finalitzar l'anàlisi fem un BLASTp de la proteïna predita per comprovar els nostres resultats, i veiem que presenta tots els dominis de la família TR: dos dominis NADH oxidasa & peroxidasa un dels quals també presenta un domini d'unió a NADH.

Hem realitzat la recerca d'elements SECIS i no hem obtingut resultats que n'assegurin la presència, ja que el COVE score és molt dolent i n'hem trobat tant al mig de la seqüència com a 5'UTR. Aquest fet juntament amb els resultats de l'Exonerate i el genewise ens porten a pensar que no hi ha cap selenoproteïna en aquesta regió del genoma.