A.anophagefferens
C.elegans.TR1
H.sapiens.TR1
H.sapiens.TR3
M.musculus.TR2
M.musculus.TR3
S.parasitica

*Nota: Proteïna fa referència al resultat del fastatranslate querys
**Nota: Clica als diferents protists per veure informació més detallada sobre les querys

Resultats positus
Resultats negatius

F.cylindrus

Hem realitzat l'exonerate amb les regions del genoma que han donat hits significatius: l'scaffold 3, el 7 i el 61 contra les set querys seleccionades. L'scaffold 3 no ens ha donat cap resultat a l'Exonerate, en canvi, l'scaffold 7 ens genera una proteïna (parlem d'una proteïna ja que amb totes les querys s'han predit proteïnes en la matixa regió i amb alta identitat (t-coffee), que conté un codó stop en la penúltima posició, el mateix lloc on es troben les U en totes les querys. Amb l'scaffold 61 obtenim proteïnes no funcionals en els 6 marcs de lectura, ja que tenen diversos codons stop abans d'arribar al final de la proteïna predita.

Per tal de corroborar els resultats, hem fet un Genewise dels tres scaffolds contra les set querys. Pel que fa a l'scaffold 7 ens dona els mateixos resultats que l'exonerate tot i que la proteïna predita consta de dos aminoàcids menys que la predita per l'Exonerate ja que acaba just en la posició anterior a la U de la query (t-coffee). D'altra banda, el Genewise ens proporciona resultats per l'scaffold 3. Les proteïnes resultants, però, són petits segments que es corresponen a la part inicial o mitja de les querys. Segurament es tracta d'algun domini conservat entre diferents famílies de proteïnes entre les quals les de la família TR, com un NADPH binding domain (NADB), però definitivament no hi ha cap selenoproteïna a l' scaffold 3. En l'anàlisi de l'scaffold 61 amb el genewise obtenim una proteïna amb un codó stop, però al fer el t-coffee amb la query veiem que les dues selenocisteines no es troben aliniades, es troben en llocs diferents de la proteïna, fet que ens fa dubtar que es tracti de la proteina que buscàvem (en totes les querys la selenocisteïna es troba en l'extrem C-terminal, característica de la família TR). Tot i així, si fem un BLASTp, podem veure que presenta molta identitat amb les querys.

Pel que fa a l'anàlisi de la presència d'elements SECIS hem obtingut un possible element en la regió del gen predit a l'scaffold 7 que tot i que presenta un COVE score força baix (0,48) l'hem obtingut amb el filtre default ATGA. Ens fa dubtar el fet que l'element es troba al mig de la seqüència de la proteïna predita, ja que en general s'ha de trobar a l'extrem 3' UTR. Hi ha evidències, però, de que els elements SECIS es mantenen a 3' per pressió evolutiva ja que en aquesta posició es maximitza l'eficiència d'inserció de les selenocisteïnes però que en procariotes i eucariotes poc complexes podem trobar amb més freqüència elements SECIS en la regió codificant (Mix et al., 2006).
En l'scaffold 61 obtenim el mateix resultat.

Els resultats que es mostren a la taula són els de l'scaffold 7 ja que és amb el que obtenim els millors resultats. Tanmateix, si es volen veure els arxius de l'anàlisi ràpid de la resta de contigs (fastasubseq, exonerate, proteina i genewise)...