Família TR

La següent taula mostra els resultats amb la query H.sapiens TR1 de tot el procès en la cerca de selenoproteïnes de la família TR en els 14 genomes dels protists (clica els protists per veure els resultats complets):

*Nota: Proteïna fa referència al resultat del fastatranslate querys
**Nota: Clica als diferents protists per veure informació més detallada sobre les querys

Resultats positus
Resultats negatius
Homòleg


Resultats tBLASTn

Per l'anàlisi de selenoproteïnes de la família TR hem fet un tBLASTn dels catorze genomes a estudiar contra les set querys seleccionades. Hem seguit el criteri de continuar l'anàlisi només d'aquells hits amb un E-value >10-4 i que contenen la selenocisteïna (U) de la query a l'alineament (tant enfront un codó stop com amb un aminoàcid). Segons aquest criteri només hem obtingut hits significatius en cinc dels catorze genomes. Per tant, a partir d'aquí hem seguit l'estudi de proteïnes de la família TR només en els següents genomes: F.cylindrus, G.niphandrodes, I.multifiliis_strain_G5, P.capsici i S.arctica .

De la resta de genomes, A.rara i P.polycephalum han obtingut un E-value per sota el llindar i no hem continuat amb el seu anàlisi. D'altra banda, d'aquells genomes per sobre del llindar de l'E-value però en els quals el tBLASTn no ha alineat la U, hem realitzat un anàlisi més ràpid on hem emprat només la query H.sapiens TR1 ja que hem vist que dóna els millors resultats (i semblants a les altres querys). En cap cas hem obtingut selenoproteïnes ni homòlegs.

Per tant, hem comprovat que amb el criteri seguit no hem perdut informació per la obtenció de selenoproteïnes.

Resum dels resultats

Amb F.cylindrus, G.niphandrodes, I.multifiliis_strain_G5, P.capsici i S.arctica hem realitzat l'estudi per trobar selenoproteïnes, i tal com es veu a la taula hem obtingut dues proteïnes on s'alinea la X amb la de la query (F.cylindrus, P.capsici), i dues que la X de la query s'alinea amb una glicina(G.niphandrodes i S.arctica ).

Amb l'anàlisi ràpid de la resta de genomes he obtingut possibles proteïnes d'altres famílies que presenten homologia amb la família TR ja que comparteixen dominis (tenen funcions semblants). És el cas A.laibachii i F.cylindrus, on hem obtingut proteïnes de la família Glutatió reductasa. En L.donovani, T.congolense, l.tarentolae i C.fasciculata el genewise ens genera proteïnes de la família Dihidroliopamida deshidrogenasa , i en C.fasciculata i T.congolense, de la família Tripanothione reductase (implicada en la via de l'estrés oxidatiu, igual que TR).

A.rara i P.polycephalum han obtingut un E-value per sota el llindar i no hem continuat amb el seu anàlisi.

Per accedir i llegir els resultats complets de cada genoma, clica el genoma d'interès a la taula