Família TR



A.anophagefferens
C.elegans.TR1
H.sapiens.TR1
H.sapiens.TR3
M.musculus.TR2
M.musculus.TR3
S.parasitica

*Nota: Proteïna fa referència al resultat del fastatranslate querys
**Nota: Clica als diferents protists per veure informació més detallada sobre les querys

Resultats positus
Resultats negatius

P.capsici

Amb aquest genoma només tenim l'scaffold 84, i al fer l'exonerate obtenim una proteïna amb un codó stop en la penúltima posició (amb la query de C.elegans ens genera una proteïna que difereix en algunes regions a la obtinguda amb les altres querys). Per comprovar els resultats fem un blastp i veiem que es tracta d'una selenoproteïna de la família TR.

Hem comprovat els resultats amb el genewise i obtenim una proteïna en l'scaffold 84 igual que la perdita per l'exonerate tot i que aquest cas acaba dos residus abans, és a dir que el genewise ha tallat la proteïna en la posició de la U, ja que l'ha detectat com a codó stop.

Finalment hem buscat els elements SECIS en la strand negativa (ja que la proteïna predita es troba en aquesta cadena) i n'hem obtingut amb el filtre loose amb un cove score molt baix. A més, es troba a l'extrem 3' a uns 7000 nucleòtids. No es tracta de resultats gaire prometedors, ja que el filtre usat acostuma a donar molts falsos positius, però tampoc ho podem descartar.