Selenoproteínas de
Macaca nemestrina
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Macaca nemestrina
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M.n
Obtención de las queries
Automatitzación del proceso
Blast
Obtención de scaffolds de interés
Obtención de la región
Predicción de la selenoproteína
Genewise
Predicción de elementos SECIS
Resultados
Selenoproteínas
Maquinaria
Discusión
Conclusiones
Referencias
Agradecimientos
Contacta
RESULTADOS
Selenoproteínas
Familia
Subfamilia
ID
TBLASTN
Scaffold
Exonerate
Genewise
T-coffee
Alineamiento
SECIS
SEBLASTIAN
DI
DI1
SPP00000002_2.0
KQ005701.1
34246499-34266781(+)
Sec/Sec
DI
DI2
SPP00000008_2.0
KQ005747.1
490100-498876(+)
Sec/Sec
DI
DI3
SPP00000016_2.0
KQ007239.1
2029059-2029892(-)
Sec/Sec
GPx
GPx1
SPP00000017_2.0
KQ009282.1
20085060-20085912(-)
Sec/Sec
GPx
GPx2
SPP00000019_2.0
KQ008983.1
16605575-16608797(-)
Sec/Sec
GPx
GPx3
SPP00000021_2.0
KQ007139.1
2405697-2405697(-)
Sec/Sec
GPx
GPx4
SPP00000026_2.0
KQ004606.1
21039956-21042576(-)
Sec/Sec
GPx
GPx5
SPP00000036_2.0
KQ005374.1
1386097-1394222(-)
-/-
GPx
GPx6
SPP00000038_2.0
KQ005374.1
1404874-1414906(+)
Sec/Sec
GPx
GPx7
SPP00000040_2.0
KQ005701.1
32845962-32871149(+)
-/-
GPx
GPx8
SPP00000041_2.0
KQ006240.1
5730674-5734771(+)
-/-
Sel15
Sel15
SPP00000067_2.0
KQ009392.1
14223610-14272897(-)
Sec/Sec
SelH
SelH
SPP00000070_2.0
KQ005813.1
861898-862516(+)
Sec/Sec
SelI
SelI
SPP00000074_2.0
KQ009260.1
6255588-6298989(-)
Sec/Sec
SelK
SelK
SPP00000076_2.0
KQ005309.1
6735858-6736130(-)
Sec/Sec
SelM
SelM
SPP00000077_2.0
KQ004995.1
1170694-1173513(+)
Sec/Sec
SelN
SelN
SPP00000079_2.0
KQ005701.1
4201310-4216299(+)
Sec/Sec
SelO
SelO
SPP00000081_2.0
KQ005223.1
656174-672124(-)
Sec/Sec*
SelP
SelP
SPP00000082_2.0
KQ005017.1
2427532-2435150(-)
Sec/Sec
SelR
SelR1
SPP00000087_2.0
KQ004918.1
843265-847104(+)
Sec/Sec
SelR
SelR2
SPP00000091_2.0
KQ009271.1
10885632-10911387(-)
-/-
SelR
SelR3
SPP00000092_2.0
KQ008945.1
21747159-21780890(-)
-/-
SelS
SelS
SPP00000100_2.0
KQ006219.1
1900588-1905200(+)
Sec/Sec
SelT
SelT
SPP00000106_2.0
KQ006343
18140422-18208847(-)
Sec/Sec
SelU
SelU1
SPP00000112_2.0
KQ006837.1
1964093-1974759(-)
-/-
SelU
SelU2
SPP00000114_2.0
KQ009171.1
4838055-4838729(+)
-/-
SelU
SelU3
SPP00000117_2.0
KQ005836.1
1648796-1733590(-)
-/-
SelV
SelV
SPP00000123_2.0
KQ005702.1
3237669-3335750(-)
Sec/Sec
SelW
SelW1
SPP00000124_2.0
KQ009183.1
3641096-3643678(+)
Sec/Sec*
SelW
SelW2
SPP00000128_2.0
KQ008639.1
3777327-3778201(+)
-/-
SPS
SPS2
SPP00000064_2.0
KQ009403.1
1648920-1650377(-)
Sec/Sec
TR
TR1
SPP00000129_2.0
KQ006009.1
3813770-3889896(-)
Sec/Sec
TR
TR2
SPP00000138_2.0
KQ009283.1
2328450-2399864(+)
Sec/Sec
TR
TR3
SPP00000141_2.0
KQ007944.1
463514-514324(+)
Sec/Sec
Maquinaria
Familia
Subfamilia
ID
TBLASTN
Scaffold
Exonerate
Genewise
T-coffee
Alineamiento
SECIS
SEBLASTIAN
eEFsec
eEFsec
SPP00000144_2.0
KQ009149.1
15811551-15849335(-)
-/-
PSTK
PSTK
SPP00000052_2.0
KQ004708.1
2238111-2244944(+)
-/-
SBP2
SBP2
SPP00000054_2.0
KQ006137.1
19796403-19837024(+)
-/-
SECp43
SECp43
SPP00000146_2.0
KQ005701.1
7390929-7422887(+)
-/-
SecS
SecS
SPP00000065_2.0
KQ005050.1
24424087-24460550(+)
-/-
SPS
SPS1
SPP00000061_2.0
KQ007505.1
328697-329872(+)
-/-
SPS
SPS2
SPP00000064_2.0
KQ009403.1
1648920-1650377(-)
Sec/Sec
Leyenda
Sec
Hay selenocisteína
-
No hay selenocisteína
Sec*
Caso especial
Existe archivo
No existe archivo