Selenoproteïnes en Protistes

	Query	Hits significatius	E-Value	tBLASTn	Exonerate GeneWise	T-Coffee	Predicció	SECIS
P. tricornutum	T. pseudonana	5	6·10-22 5·10-15 3·10-13 1·10-12 6·10-13				Selprot HCys HCys HCys HCys	----
H. arabidopsidis	T. pseudonana	2	9·10-18 3·10-5				HCys HCys	-
P. ultimum	A.aureococcus	3	9·10-17 5·10-15 7·10-14				HCys HCys HCys	-
S. parasitica	A.aureococcus	3	4·10-23 4·10-23 1·10-22				HCys HCys -	-
E. siliculosus	E. huxleyi	1	3·10-7				-	-
C. muris	No	-	-		-	-	-	-
C. parvum	No	-	-		-	-	-	-
A. taiwanensis	No	-	-		-	-	-	-
C.owczarzaki	E. huxleyi	1	7·10-10				-	-
P. pallidum	T. pseudonana	1	4·10-20				HCys	-
C. merolae	T. pseudonana	1	3·10-14				HCys	-
T. trahens	A.aureococcus	1	3·10-26				Selprot
N. gruberi	T. pseudonana	1	8·10-18				-	-

A la taula apareixen tres de les nou querys que hem trobat de MsrA. Totes les querys trobades són molt semblants (veure T-Coffee).

A la taula es mostren aquelles espècies en les quals no s'ha trobat cap hit significatiu (>1·10^-4) amb cap de les querys. Es mostra un dels tBLASTn (query de A.aureococcus).

Per altra banda, s'ha alineat mitjançant T-Coffee totes les proteïnes obtingudes i les querys utilitzades. El resultat pot veure's en format .txt o en format .html. A més a més, també s'adjunta un T-Coffee amb els cDNA, en el que s'observa la conservació del codó TGA (veure en format .txt o .html).

Per últim, s'ha realitzat un BLASTp amb les seqüències predites per buscar la funció d'altres proteïnes semblants a la base de dades de NCBI. Les coincidències obtingudes ratifiquen els resultats de la taula. Prémer aquí per descarregar els resultats.

Torna