Un cop exposades les nostres troballes, cal matissar algunes qüestions, especialment les relacionades amb els resultats negatius. L’absència de hits en la recerca de la maquinària de traducció de selenoproteïnes no exclou de forma definitiva la possible traducció de les seqüències corresponents a selenoproteïnes conservades als genomes. Cal tenir en compte que els resultats negatius mai són concloents: el cercador de tRNA, tRNASearch fa servir querys per tal d'identificar tots els gens codificants per tRNA, mostrant en l'output quins són els codons reconeguts per l'anticodó de l'estructura. Així, s'ha trobat que en T. trahens hi ha 2 gens per tRNA de cisteïna amb l'anticodó per TGA, trobant-se només 1 en P. tricornutum. Quant a la score obtinguda en la cerca de SECIS, el primer organisme en presentava una de més elevada, sent per tant esperable trobar major propensió a la presència de maquinària necessària per a la síntesi de selenoproteïnes. Tot i això, tal i com es mostra més endavant, la conversió de la cisteïna d'aquests tRNA a selenocisteïna no serà possible per la manca dels elements necessaris en aquesta reacció. Els resultats només es mostren per les espècies esmentades per la manca d'interès en aquelles on ni tan sols s'han pogut detectar selenoproteïnes de la família MsrA. No obstant, el fet de no trobar certs gens no implica la seva absència en el genoma, no podent descartar que les querys de tRNAs usades podríen no ser prou semblants com per obtenir hits raonables.
També cal destacar algunes limitaciones tècniques; generalment la seqüenciació dels genomes utilitzats en aquest estudi s’ha fet mitjançant shot gun DNA sequencing, mètode amb el qual s’obtenen contigs, que són sets de seqüències de DNA contigües i solapades entre elles a partir de les quals s’infereix el genoma complet. En ocasions el seqüenciador no reconeix els nucleòtids que formen part de contigs massa petits o que es troben en el límit entre dos d’ells. Davant la manca d’informació, els programes bioinformàtics donen resultats incoherents o nuls. Això ha succeït en cercar SelR en el genoma de T. trahens, ja que un dels hits contenia regions simbolitzades amb “N”, que indica la presència d’un nucleòtid no identificat i no reconegut per GeneWise ni Exonerate, motiu pel qual s’ha descartat.

Quant als criteris seguits en l’elaboració d’aquest treball cal dir que la selecció de les querys s’ha fet en funció de les seqüències trobades a SelenoDB i a treballs realitzats per estudiants de la nostra universitat en anys anteriors. En el cas de MsrA, s’han escollit 3 seqüències de diferents organismes en el treball sobre aquesta proteïna de l’any passat (Projectes curs 2009-2010), a més a més de la subministrada pels professors. Respecte a SelR, les querys s’han extret de SelenoDB i s’han triat per la seva proximitat filogenètica amb els protistes del treball. S’han provat diverses querys per tal d’augmentar les possibilitats d’èxit i no perdre informació. Així, davant l’ampli ventall de querys disponibles, la nostra tria s’ha basat, en primera instància, en escollir només un dels alineaments amb tBLASTn que es produïssin en la mateixa regió del genoma i, en segon lloc, un cop efectuats els tBLASTn amb totes les querys pel mateix genoma, aquelles que proporcionaven uns hits amb valors de E-value menors.
Un cop escollida la query, en la cerca de hits en els genomes mitjançant el programa tBLASTn no s’han acceptat com a significatius E-values superiors a 1.10-4. A més a més d’aquest llindar, s’han seleccionat les prediccions en les que s’alineava la regió de la query que conté l’aminoàcid selenocisteïna (Sec o U) i s’han descartat les altres perquè podria tractar-se de dominis freqüents en molts tipus d’enzims no relacionats amb MsrA ni SelR. També s’han descartat els hits solapats, és a dir, aquells que es trobaven en la mateixa regió genòmica que un altre prèviament estudiat. Per a corroborar la presència del codó TGA en les seqüències predites s’ha fet servir el programa T-Coffee.
També s’han buscat SElenoCystein Insertion Sequence (SECIS) i les seqüències de la maquinària de traducció de selenoproteïnes als diferents genomes. Els SECIS s’han cercat als genomes que presentaven selenoproteïnes així com als que presentaven homòlegs en cisteïna, tot i que en aquests últims no s’esperava que estiguessin conservats i, de fet, no s’han trobat a cap d’ells. Quant a la maquinària de traducció de selenoproteïnes, només s’ha considerat rellevant dur-la a terme en els dos casos en què s’han obtingut selenoproteïnes i s’ha realitzat una cerca qualitativa perquè trobar una seqüència corresponent a les molécules implicades en la traducció és suficient per saber si és possible que es tradueixin les nostres selenoproteïnes. La presència de maquinària en T. trahens i P. tricornutum és escassa tot i que no difereix gaire de les expectatives. El fet de no tenir SECIS significatius en el genoma concorda amb els resultats obtinguts per certa marquinària com ara la SPS-2 (SECIS binding protein-2). Per últim, per tal de comprovar que les proteïnes trobades tenen la funcionalitat i els dominis de la query emprada s’ha utilitzat el flavour BLASTp. El fet que les proteïnes més semblants de les bases de dades tiguin funció de metionina sulfòxid reductasa no és una prova irrefutable de la fiabilitat dels resultats d’aquest treball, però dóna més credibilitat.

Publicacions científiques prèvies destaquen la pèrdua evolutiva de les proteïnes de la família Msr en espècies de termòfiles i paràsits obligats, la qual cosa és coherent, en primer lloc, amb la funció d’aquestes proteïnes en la regulació dels estrés oxidatiu i, en segon lloc, amb els nostres resultats: tant C.muris com C.parvum i A. taiwanensis són paràsits del fílum Apicomplexe i no presenten selenoproteïnes MsrA ni SelR ni cap homòleg amb cisteïna. Si bé els resultats d’aquest treball no són suficients per establir distàncies filogenètiques entre protistes, tampoc no contradiuen la literatura científica, que destaca que totes dues proteïnes, MsrA i SelR, mostren patrons d’ocurrència solapats, és a dir, es troben a les mateixes espècies perquè les seves activitats enzimàtiques són complementàries. Tanmateix, s’ha hipotetitzat l’existència d’altres proteïnes amb funcions redundants a MsrA i SelR o la possible participació de totes dues proteïnes en la reducció dels dos estereoisòmers, que explicarien per què els fenotips dels knock outs d’una de les dues proteïnes en C.cerevisiae són viables fins i tot en presència de Reactive Oxygen Species (ROS). De tota manera, el doble K.O. creix sense ROS i pràcticament no sobreviu en presència de ROS.

Finalment cal remarcar que la recerca en aquest camp mitjançant nombroses eines bioinformàtiques obre les portes a multitud d’estudis per a la caracterització de les selenoproteïnes i els seus homòlegs en cisteïna.