Discussió

Huertas J, Iglesias E, Jané P, Jurado P, Puig T




Família Tioredoxin reductasa (TR)

La família TR, està constituïda inicialment per 3 proteïnes diferents en Homo sapiens. Al procedir a la predicció d'aquestes proteïnes vam trobar que la predicció que obteniem per a TR3 e´s correspon a TR1, pel que concluim que TR3 no existeix en Myotis davidii.

Tioredoxin reductasa 1 (TR1)

La query de TR1 pertany a l'espècie Homo sapiens ja que no està correctament anotada en Myotis lucifugus. En utilitzar el blast per buscar hits amb homologia respecte la query, de TR1 hem obtingut 9 scaffolds dels quals només 5 eren estadísticament significatius. Al observar els T-COFFEEs de cada un d'ells van escollir l'scaffold KB111329.1 (e-value 8e-35 i T.COFFEE score 100) com al hit millor conservat i de sentit contrari (reverse) a l'anotació.

La predicció de TR1 està realitzada tant en exonerate (raw score 2385) com en genewise (score 937.66 bits) donant a lloc un gen constituït per 13 exons i 12 introns. La proteïna resultat és de 499 aminoàcids.

En l'aliniament realitzat amb T-COFFEE juntament amb el Seblastian, ens mostra que la selenocisteïna ha estat conservada, pel que podem dir que TR1 és una selenoproteïna en Myotis davidii. D'altra banda, hem obtingut per SECISearch 3 una estructura SECIS a 3' de la proteïna predita. Així doncs, concluim que TR1 es tracta d'una selenoproteïna en Myotis davidii, fet que concorda amb les anotacions prèvies que troben TR1 tant en el genoma humà com el de Myotis lucifugus.


Tioredoxin reductasa 2 (TR2)

La query de la TR2 ha estat possible obternir-la del genoma Myotis Lucifugus ja que estava ben predita.

La cerca d'homologia de la proteïna en el genoma del nostre organisme ha resultat amb la obtenció de 5 scaffolds, 4 dels quals són estadísticament significatius. Gràcies al T-COFFEE hem escollit l'scaffold KB111160.1 (e-value 1e-26)com el gen més conservat (score 99). El sentit del hit és forward (+) respecte l'anotació.

La predicció de la TR2 mitjançant els programes exonerate (raw score 2055) i genewise (score 798.68 bits), donen una proteïna de 426 aminoàcids. El gen pel qual està codificat, està format per 13 exons i 12 introns.

Observem una gran homologia amb la TR2 del Myotis lucifugus, fet que ja esperàvem per a pertànyer al mateix genère que el nostre ratpenat.

Les prediccions de genewise i exonerate no cobreixen la selenocisteïna, ja que aquesta es troba en la penúltima posició i ambdòs programes l'interpreten com a codó stop. Tot i amb això, l'alt grau d'homologia ens permet predir que està conservada en Myotis davidii

La predicció l'element SECSs ha estat positiva, de la mateixa manera que els resultats del Seblastian, gràcies a que s'ha conservat la selenocisteïna.Per tant, TR2 es tracta d'una selenoproteïna en Myotis davidii.

Podem resumir, que la família TR està formada per selenoproteïnes tant en els genomes d'Homo sapiens, Myotis lucifugus i Myotis davidii.