Discussió

Huertas J, Iglesias E, Jané P, Jurado P, Puig T




Secis Binding Protein 2 (SBP2)

SBP2 es una proteïna de maquinària que sí que es troba anotada a selenoDB per a Myotis lucifugus, però degut a que la seqüencia no comença per metionina (M), l'hem descartat i hem utilitzat la query de la proteïna d'Homo sapiens.

El blast ens dóna dos hits, un en el sentit contrari a l'anotació (-) i l'altre en el mateix sentit a l'anotació (+). El primer hit, KB099365.1, té una alta homologia amb la query y una puntuació de tcoffee elevada. Per altra banda el segon hit, KB101809.1, també té una alta homologia amb la query, encara que menor que el primer hit i la puntuació de tcoffee no és tant elevada com el primer hit. Per això considerem que la proteïna SBP2 es troba a l'scaffold |KB099365.1|.

L'exonerate ha predit una sola proteïna amb 16 exons i 15 introns, i una raw score de 2773. Pel que fa el genewise, ha predit també una sola proteïna que conté 16 exons i 15 introns i un score de 1133.24 bits.

Al ser una proteïna de maquinària i no contenir selenocisteïnes en la seva seqüència, no podem comparar si l'exonerate i el genewise contenen un codó stop on hauria d'estar la selenocisteïna. Tot i així, tenint com a referència l'alta puntuació del tcoffee podem hipotetitzar que l'estructura està ben conservada.

No trobem estructures SECIS ni Seblastian mitjançant la predicció per Secisearch 3, cosa que ens valida que SBP2 no es tracta d'una selenoproteïna en Myotis davidii.