En el cas de la família de Selenoproteïna W, hem emprat les seqüències anotades en el genoma humà ja que no estava ben anotada en Myotis davidii.En el genoma de l'Homo sapiens identifiquem dues proteïnes de la família però només la SelW1 és una selenoproteïna.

SelW1

En buscar l'homologia de la SelW1 en el genoma del nostre organisme (Myotis davidii) observem un sol hit de sentit contrari (-) a l'anotació, el qual es troba localitzat a l'scaffold KB100806.1 (e-value de 10^-6). En fer el T-COFFEE, veiem que té un 98 de puntuació, fet que ens indica que molt probablement la SelW1 es troba en aquest scaffold.

Aquesta proteïna ha estat predita tant en exonerate com en genewise. Inicialment exonerate ens ha trobat una seqüència d'exons i introns en els quals no s'inclou la possible selenocisteïna, per la qual cosa hem inclòs la comanda --exhaustive per realitzar una busca més exhaustiva. Amb aquesta comanda ha trobat una amb 5 exons i 4 introns i un raw score de 342, constituïnt una proteïna de 86 aminoàcids que conté un codó UGA on a la query trobem selenocisteïna. Genewise, en canvi, només ha trobat 3 exons i 2 introns (score 114,82 bits).

Pel que fa al T-COFFEE hem obtingut una puntuació alta i l'alineament inclou la selenocisteïna, per la qual cosa el considerem bo.

Si estudiem la presència d'una estructura SECIS, SECISearch3 ens prediu un element SECIS a la posició 3'. Per altra banda, el SEBLASTIAN no ha pogut predir cap selenoproteïna.

SelW2

Pel que respecte a SelW2, aquesta no es tracta d'una selenoproteïna en l'èsser humà però observem una cisteïna en l'aminoàcid 111 de 115. En buscar la seva homologia en el nostre ratpenat, hem trobat 3 scaffolds dels quals només un tenia un e-value suficientment baix per considerar-lo significatiu (e-value de 1e^-17).Aquest està anotada en sentit reverse (-) a l'anotació.

En la predicció del gen tant per exonerate (raw score 521) com per genewise (score 203.80 bits), se'ns prediu un gen en KB115179.1 de 4 exons i de 3 introns. La proteïna resultant està formada per 115 aminoàcids, entre els quals no hi ha cap selenocisteïna. Pel que fa al T-COFFEE, obtenim un alineament molt bo amb una puntuació de 100 que inclou la cisteïna abans comentada.

Si estudiem la presència d'estructures SECIS, SECISearch3 ens diu que no n'hi ha, i el SEBLASTIAN ens ho confirma. Així doncs SelW2 no és una selenoproteïna en Myotis davidii.

Conclusió

Podem resumir que dins de la família SelW, SelW1 és una selenoproteïa en el genoma de Myotis davidii ja que n'hem pogut identificar la selenocisteïna i l'element SECIS. En canvi, SelW2 no ho és ja que no hem trobat cap dels dos elements.