SelH

La Selenoproteïna H es troba conservada tant a Myotis lucifugus com a Homo sapiens, i la podem trobar correctament anotada a SelenoDB en els dos casos. En aquest cas hem utilitzat la query de Myotis lucifugus per la major proximitat entre espècies.

El blast de SelH ens ha trobat dotze hits, dels quals cinc tenien un e-value menor a 1e^-04. En analitzar els 5 hits només els dos primers scaffolds KB142088.1 i KB113170.1 donen un alineament bo, i d'aquests, només el segon scaffold té un codó UGA on hi ha una selenocisteïna a la query. Per tant hem escollit l'scaffold KB113170.1 ja que hipotetitzem que en aquest pot haver-hi una selenoproteïna. Aquest scaffold es troba en el mateix sentit de l’anotació (+).

L’exonerate d'aquest scaffold ens prediu una proteïna força ben alineada amb 2 exons i un intró i un raw score de 445. El genewise prediu la mateixa estructura d'introns i exons i amb una puntuació de 177,88 bits. En fer el t-coffee obtenim un alineament força bo, amb un score de 87.

Pel que fa a la predicció d'elements SECIS, el SECISearch3 prediu dos elements SECIS a la regió 3' del transcrit que es tradueix, dels quals només un és de grau A i amb un score superior a quinze i és el que hem escollit com a bo. D'altra banda, el Seblastian no ha estat capaç de predir cap selenoproteïna. Donat que les altres anàlisis si que ens prediuen una selenocisteïna, esperaríem que Seblastian també la trobès .

Així doncs, vist que els resultats de l'exonerate, el genewise i SECISearch3 són bons i concorden, podem considerar que la proteïna SelH és una Selenoproteïna en Myotis davidii i es troba a l'scaffold KB113170.1. Es tracta d'una selenoproteïna amb paper antioxidant, present tant en Homo sapiens com en Myotis lucifugus pel que trobar-la en Myotis davidii correspon amb el resultat esperat.

Amb tota aquesta informació, podem predir l'estructura de la selenoproteïna: