Discussió

Huertas J, Iglesias E, Jané P, Jurado P, Puig T




Methionine sulfoxide reductase A (MsrA)

MrsA és una proteïna que es troba anotada a selenoDB en Myotis lucifugus. Com aquesta és d'una espècie del mateix gènere que la nostra espècie d'estudi (Myotis davidii), és probable que mostri més homologia i per tant, és la que agafem com a query per a comparar.

El blast ens dóna dos hits, el primer en el mateix sentit a l'anotació (+) i el segon en sentit contrari a l'anotació (-). Tot i que l'scaffold KB113703.1 té una alta homologia amb la query, l'scaffold que conté la proteina MrsA és KB115814.1, ja que té una major homologia amb la query que l'altre hit i una puntuació de tcoffee elevada.

Tant l'exonerate com el genewise ens prediu un gen composat per 2 exons i 1 intró. L'exonerate ens el prediu amb un raw score de 356 mentre que el genewise ho fa amb un score de 156.98 bits.

Tot i així, cap d'ells ens mostra la presència de cap selenocisteïna. Pel que fa al tcoffee, observem que tot i tenir una puntuació alta només es conserva un fragment de la proteïna respecte la query.

Pel que fa a la predicció d'elements SECIS, el SECISearch 3 no ens prediu cap SECIS. Seblastian tampoc ens aporta cap resultat, cosa que concorda, degut a que MrsA no és una selenoproteina en Myotis Davidii, ja que no conté selenocisteïna. En resum, podem deduïr que MrsA es troba en Myotis davidii ja que hem trobat un fragment suficienment gran, però, no obtenim una proteïna d'aquesta ben anotada. Igualment, il·lustrem la seva estructura a continuació: