Discussió

Huertas J, Iglesias E, Jané P, Jurado P, Puig T




tRNA Sec 1 associated protein 1 (Secp43)

Secp43 és una proteïna que s'associa al tRNA Sec, i per tant forma part de la maquinària de síntesi de selenoproteïnes. La seva query l'hem obtingut del genoma de l'Homo sapiens, ja que estava anotada incorrectament en el genoma de Myotis lucifugus (espècie pròxima a la d'estudi).

Els resultats del blast es podrien resumir en la identifiació de 12 scaffolds estadísticament significatius dels 32 obtinguts en total. L'scaffold que presentava millor homologia és KB116655.1 (e-value 9e-19) i el seu t-coffee té una bona puntuació(score 99) tot i que la proteïna predita comença 39 aminoàcids després de l'inici de la query.

Pel que respecta a la predicció de la proteïna, tant l'exonerate (raw score 1271) com el genewise (score 502.88 bits) un gen de sis exons i cinc introns, codificant per una proteïna de 282 aminoàcids. Com era d'esperar, no s'ha identificat cap estructura SECIS i per tant podem afimar que no és una selenoproteïna.

En conclusió, Secp43 és una proteína conservada en Myotis davidii però no és del tipus selenoproteïna. A més, no hem pogut predir la proteïna sencera, ja que, la seqüència predita es distancia 39 aminoàcids des del principi de la query. Així doncs, no comença per metionina.