Discussió

Huertas J, Iglesias E, Jané P, Jurado P, Puig T




Selenoproteïna (SelI)

La Selenoproteïna I es troba conservada tant a Myotis lucifugus com a Homo sapiens, i la podem trobar correctament anotada a SelenoDB en els dos casos. En aquest cas hem utilitzat la query de Myotis lucifugus.

En fer el blast de SelI, hem vist clarament que només un hit és clarament rellevant quant a e-value i identitat i a més conté la zona on hi hauria la selenocisteïna, per tant hem escollit aquest scaffold i pensem que hi podria haver una selenoproteïna. Aquest scaffold és KB110330.1 i es troba en sentit contrari al de l’anotació (-).

En fer-ne l’exonerate, el programa ens prediu una proteïna força ben alineada amb 10 exons i 9 introns i un raw score de 2013. A més, podem observar que a l’scaffold hi ha un codó STOP que s’alinea al lloc on hi ha una selenocisteïna en Myotis lucifugus, fet que ens diu que allà s’hi pot transcriure una selenocisteïna. El genewise prediu els mateixos introns i exons, amb una puntuació de 814.84 bits. En fer el t-coffee obtenim un alineament gairebé perfecte amb un score de 100 entre la nostra query i l’scaffold.

El programa SEBLASTIAN ha trobat un alineament molt bo entre el nostre scaffold i la SelI de Equs caballus, trobant 9 exons i 8 introns. Pel que fa a la predicció d'elements SECIS, el SECISearch 3 ens prediu un element SECIS, que ens valida la teoria de que SelI és una selenoproteïna en Myotis davidii. Creiem que hi ha hagut algun error en escollir les subseqüències per fer l’exonerate, ja que segons aquest programa l’element SECIS es trobaria en la regió traduïda de la seqüència, però segons el Seblastian, es troba a 3' de l'últim exó, com cabria esperar.

Així doncs, vist que els resultats de Seblastian i SECISearch3 són molt bons i concorden, podem considerar que la proteïna SelI es troba a l'scaffold KB110330.1. Donat que és una selenoproteïna present tant en Myotis lucifugus com en Homo sapiens, trobar-la en Myotis davidii ens permet dir que SelI era present en l'ancestre comú i no s'ha perdut en la nostra espècie.

Amb tota aquesta informació, podem predir l'estructura de la selenoproteïna: